ชาวมาลากาซีเดิมนับถือศาสนาพื้นเมืองเชื่อเกี่ยวกับเรื่องผีสางนางไม้ ในอดีต ราชินีแห่งมาดากัสการ์มีพระราชองค์การห้ามมิให้บุคคลใดนับถือศาสนาคริสต์ มิเช่นนั้นจะถูกโยนลงเหว ก่อนการประหารเพชฆาตจะถามก่อนว่า "เจ้าจะเลือกเทพเจ้าของราชินี หรือจะนับถือพระเยซู" ถ้าตอบว่าเลือกพระเยซู จะต้องลงเหว ถึงปัจจุบันชาวมาลากาซีส่วนใหญ่ก็ยังนับถือศาสนาดั้งเดิมอยู่ แต่ก็มีชาวมาลากาซีที่เข้ารีตศาสนาคริสต์นิกายต่าง ๆ และยังมีชาวมาลากาซีนับถือศาสนาอิสลามอีกด้วย