ในปี ค.ศ. 1986 เหล่าแฟงไกอาได้ออกอาละวาดโจมตีมนุษย์ เพื่อดูดกลืนวิญญาณมนุษย์เป็นอาหารจึงทำให้เกิดองค์กร นักล่าแฟงไกอา นาม กลุ่มฟ้าสีครามสดใส เพื่อทำหน้าที่ปกป้องมนุษย์จากการอาละวาดของแฟงไกอาในอีก 22ปี ต่อมา ปีค.ศ. 2008 แฟงไกอาในอดีต ได้เริ่มกลับมาอาละวาดซ้ำรอยอีกครั้ง ทำให้เหล่านักล่าแฟงไกอา ต้องทำหน้าที่อีกครั้งอีกครั้ง แต่ในขณะเดียวกัน ได้ปรากฏบุรุษปริศนานาม มาสค์ไรเดอร์คิบะ ผู้ปราบปรามเหล่าแฟงไกอาที่ชั่วร้าย