อาร์ชดัชเชสมาเรีย คริสตินาแห่งออสเตรีย เข้าพระราชพิธีอภิเษกสมรสกับ พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 12 แห่งสเปน เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน พ.ศ. 2422 รับพระราชทานพระอิสริยยศเป็น สมเด็จพระราชินีแห่งสเปน มีพระราชบุตรดังนี้

1. เมอร์เซเดส เจ้าหญิงแห่งอัสตูเรียส
2. อินฟันตามาเรีย เทเรซาแห่งสเปน
3. พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 13 แห่งสเปน

พระองค์ทรงเป็นพระมเหสีพระองค์ที่ 2 เนื่องจากพระมเหสีพระองค์แรกของพระราชสวามีคือ เมอร์เซเดสแห่งออร์เลอ็อง สมเด็จพระราชินีแห่งสเปน เสด็จสวรรคตลง ตำแหน่งสมเด็จพระราชินีแห่งสเปนจึงเป็นของพระองค์ทีนทีหลังจากเษกสมรส