สายการบินนี้เริ่มเปิดให้บริการเมื่อปี พ.ศ. 2490 ในชื่อว่า มาลายันแอร์เวย์ แล้วเปลี่ยนชื่อเป็นมาเลเซียนแอร์เวย์หลังจากมาเลเซียประกาศเอกราช และเมื่อสิงคโปร์ประกาศแยกตัวเป็นเอกราชจากมาเลเซีย สายการบินมาเลเซียนแอร์เวย์ก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็นมาเลเซีย-สิงคโปร์แอร์ไลน์ ต่อมาเกิดปัญหาทางการเมืองระหว่างรัฐบาลของทั้งสองประเทศ ทำให้ทางสายการบินแยกตัวออกเป็น 2 บริษัท คือ มาเลเซียแอร์ไลน์ซิสเต็ม และสิงคโปร์แอร์ไลน์ และในปี พ.ศ. 2530 มาเลเซียแอร์ไลน์ซิสเต็ม ก็ได้เปลี่ยนชื่อเป็นมาเลเซียแอร์ไลน์