แก่นสารของ มิติวิญญาณมหัศจรรย์ นั้นอยู่ที่จิฮิโระ ตัวนางของเรื่อง และการเดินทางในโรงอาบน้ำภูตผีปิศาจอันเหนือความคาดหมายของเธอ จิฮิโระจำต้องเผชิญสิ่งอัศจรรย์พันลึกทั้งที่เป็นเพียงเด็ก เธอจึงเสมือนถูกแยกจากสรรพสิ่งที่เคยเรียนรู้มาโดยสิ้นเชิง และต้องหาหนทางกลับสู่ความเป็นจริงที่จากมา ประสบการณ์ที่จิฮิโระได้รับมาในโลกคู่ขนาน ซึ่งมักได้รับการเปรียบเทียบกับวรรณกรรมเรื่อง อลิซผจญภัยในแดนมหัศจรรย์ (Alice's Adventures in Wonderland) ของ ลิวอิส แคร์รอล (Lewis Carroll) นั้น สื่อว่าเธอได้ก้าวข้ามความเป็นเด็กและเติบโตเป็นผู้ใหญ่[7]

เรื่องราวแบบฉบับดั้งเดิมที่ว่าด้วยการเดินทางจากโลกหนึ่งไปอีกโลกหนึ่งนั้น ย่อมบ่งบอกว่าจิฮิโระกำลังก้ำกึ่งอยู่ระหว่างสิ่งสองสิ่ง คือ ความเป็นเด็ก และความเป็นผู้ใหญ่ คำ "คะมิกะกุชิ" (神隠し) ในชื่อภาษาญี่ปุ่นของภาพยนตร์ ซึ่งมีความหมายตามตัวอักษรว่า "ถูกเทวดาซ่อนไว้" (หรือ "ถูกผีอุ้มไป") กับทั้งคติชาวบ้านอันเป็นองค์ประกอบของเรื่องนั้น เป็นเครื่องยืนยันว่า "ที่ว่า 'ถูกผีอุ้มไป' นั้น คือว่า ถูกสังคมหมางเหมินประหนึ่งตายไปแล้วในโลกนี้ และการได้กลับมายังโลกนี้อีกหลังถูกผีอุ้มไปนั้น คือว่า ได้รับการยอมรับจากสังคมอีกครั้ง"[8]

แม่มดยูบาบาคล้ายคลึงกับ นายสารถี (Coachman) จากเรื่อง ปิน็อกกีโอ (Pinocchio) ในหลาย ๆ ด้าน โดยเฉพาะที่นางเปลี่ยนมนุษย์ให้เป็นสุกร เฉกเช่นเดียวกับที่นายสารถีเปลี่ยนเด็กชายให้เป็นลา ตามท้องเรื่อง เมื่อนางตกลงให้จิฮิโระทำงานที่โรงอาบน้ำ นางก็ยึดชื่อจริงของเธอไป แล้วตัดเหลือแต่อักษรแรกคือ "เซ็ง" และให้เธอใช้ชื่อนั้นแทน ซึ่งเป็นแนวเรื่องที่พบได้ดาษดื่นในคติชาวบ้านญี่ปุ่น และเป็นเชิงสัญลักษณ์ว่า ยูบาบาสังหารเด็กน้อยจิฮิโระ[7] เมื่อจิฮิโระลืมเลือนวัยเด็กอันเป็นอดีตของเธอแล้ว เธอก็ไม่สามารถกลับสู่โลกจริง และทำได้เพียงเจริญวัยไปสู่อนาคต ฉะนั้น เรื่องราวที่จิฮิโระต้องเรียนรู้และก้าวให้พ้นหลังจากนั้นไป จึงเป็นสิ่งท้าท้ายและบทเรียนชนิดที่พบบ่อย ๆ ในพิธีกรรมเปลี่ยนผ่าน (rite of passage) และในเนื้อเรื่องแบบสูตรเดียว (monomyth) นอกจากนี้ เพื่อฟื้นความทรงจำเกี่ยวกับอดีตกาล และเพื่อให้ตนดำเนินต่อเนื่องไปกับอดีต จิฮิโระจำจะต้องสร้างอัตลักษณ์ใหม่ให้ตนเองด้วย[7]

แม้ผิวเผินอาจมองว่า มิติวิญญาณมหัศจรรย์ ดำเนินเรื่องแนว "เรียนรู้เติบโต" แต่ภาพยนตร์เรื่องนี้ยังแฝงการแสดงความคิดเห็นเชิงวิพากษ์สังคมญี่ปุ่นในเรื่องความขัดแย้งระหว่างคนต่างรุ่น, การที่สังคมส่วนมากพยายามละลายวัฒนธรรมประเพณีแบบดั้งเดิม และการทำลายสิ่งแวดล้อมด้วย[9] ในฐานะที่จิฮิโระสื่อถึงสาวน้อยแรกเริ่ม จึง "อาจมองได้ว่า [เธอ] เป็นอุปลักษณ์ของสังคมญี่ปุ่น ที่ในช่วงสิบปีหลัง ๆ นี้ ชักลืมเลือนและละเลยคุณธรรมและกรอบอุดมการณ์ยุคหลังสงครามไปกันมาก"[10] ทั้งนี้ ด้วยว่าญี่ปุ่นที่กำลังหน้ามืดเพราะเศรษฐกิจขาลงในช่วงฉายภาพยนตร์เรื่องนี้เมื่อปี 2544 เองก็กำลังพยายามปะติดปะต่อคุณงามความดีที่เคยยึดถือกันมา ดุจเดียวกับที่จิฮิโระไขว่คว้าหาตัวตนในอดีตของเธอ[11]

ตอนต้นเรื่อง จิฮิโระเดินทางผ่านสวนสนุกร้าง อันส่อสำแดงถึงภาวะเศรษฐกิจฟองสบู่แตกกระจุยในญี่ปุ่น และผ่านบิดามารดาของตนที่ปล่อยใจปล่อยกายไปตามอำนาจบัตรเครดิตจนกลายร่างเป็นสุกรนั้น ก็เพื่อบรรลุโลกมายาของโรงอาบน้ำ อันแล้วไปด้วยวัฒนธรรมประเพณีตลอดจนคตินิทานต่าง ๆ ทว่า "โรงอาบน้ำภูตผีปิศาจเองก็เอาแน่เอานอนมิได้ และมีด้านมืดของมัน...[เพราะ] มิยาซากิไม่ไร้เดียงสาถึงขนาดสร้างอดีตภูมิหรืออสุรภูมิให้มีลักษณะบรรเจิดเลิศล้ำถ่ายเดียว"[12] ลูกจ้างจำนวนมากที่โรงอาบน้ำมีอุปนิสัยกักขฬะและเลือกปฏิบัติต่อจิฮิโระ ซ้ำโรงอาบน้ำก็ยังยืดโยงอยู่บน "ขื่อแป" แห่งพวกหน้าเงินใจคด[10] โรงอาบน้ำเป็นสถานแห่ง "ความฟุ้งเฟ้อและมักมาก" เช่นนั้นจริงเมื่อคราที่ผีไร้หน้าปรากฏตัวแรก ๆ[13]

แม้การเดินทางและเปลี่ยนแปลงของจิฮิโระจะแสดงภาพ "วัฒนธรรมฟื้นตัวตามแบบฉบับดังเดิม อาทิ มีการตระหนักค่า การกำหนดตัวตนอันสมบูรณ์ การชำระจิตวิญญาณ และการเสียสละ" ทว่า โรงอาบน้ำอันวิจิตรภายใต้ฉากหลังที่สลัวเสมอนั้น เตือนให้ผู้ชมจำไว้ให้มั่นว่า ชีวิตจริงหาได้ง่ายดายไม่ ดังมีข้อความว่า "โรงอาบน้ำซึ่งพร้อมด้วยแสงสีรื่นเริงบันเทิงใจ แต่ขณะเดียวกันก็มากด้วยความสับสนอลหม่าน ชี้ว่า ภัยอันคุกคามคนทั้งหลายนั้นหาได้มีมาแต่ภายนอกไม่"[10] อีกประการหนึ่ง ปัญหาสิ่งแวดล้อมในเรื่องที่ผีเสื้อน้ำต้องปนเปื้อนสกปรก และฮะกุจำต้องสละแม่น้ำที่ตนสิงสู่ให้แก่หมู่อาคารห้องแถว ยังส่อสำแดงด้วยว่า เป็นสังคมญี่ปุ่นนั้นเอง ที่ก่อมลพิษให้แก่โรงอาบน้ำ สถานที่ซึ่งตามแบบแผนแล้วควรมีแต่ความสะอาดหมดจด