มินิยีน (อังกฤษ: minigene) เป็นส่วนยีนที่เล็กสุดซึ่งประกอบด้วยส่วน exon และบริเวณที่ควบคุมให้ยีนสามารถแสดงออกได้ เป็นสิ่งที่มีอยู่ตามธรรมชาติแต่ก็สามารถสร้างมินิยีนที่ซับซ้อนโดยมี exon และ intron หลายส่วนมินิยีนช่วยให้นักวิจัยสามารถตรวจสอบรูปแบบการตัดต่อยีนทางเคมีชีวภาพทั้งในร่างกายและในหลอดทดลอง[1][2]ตัวอย่างโดยเฉพาะก็คือ สามารถใช้มินิยีนเป็นตัวแสดงว่า ปัจจัย/แฟกเตอร์อะไรสำคัญในการตัดต่อยีน (คือใช้เป็น splice reporter vector หรือ exon-trapping vector)และสามารถสร้างขึ้นเพื่อตรวจว่า cis-regulatory element และ trans-regulatory element มีผลต่อการแสดงออกของยีนเช่นไร[3]