มินิโมนิ ก่อตั้งขึ้นมาครั้งแรกในปี พ.ศ. 2543 โดยสมาชิกของมอร์นิงมุซุเมะที่ชื่อ มาริ ยางูจิ (矢口真里) เธอเป็นผู้ที่ออกความคิดว่าสมาชิกของกลุ่มย่อยกลุ่มนี้จะต้องมีความสูงไม่เกิน 150 เซนติเมตร ต่อมายางูจิร่วมกับสึงกุ (つんく) นักประพันธ์เพลงและโปรดิวเซอร์ประจำมอร์นิงมุซุเมะ ได้เลือกเอาสมาชิกล่าสุด (ในขณะนั้น) ของมอร์นิงมุซุเมะมาสองคน ได้แก่ ไอ คาโงะ (加護 亜依) และโนโซมิ สึจิ (辻希美) เข้ามาเป็นสมาชิกของมินิโมนิร่วมกับตัวยางูจิเอง และหลังจากนั้นไม่นาน ทั้งสามก็ได้เริ่มการแสดงคอนเสิร์ตต่าง ๆ ของพวกเธอ ในเวลาต่อมา ได้มีการเพิ่มตัว มิกะ แทเรสซา ทอดด์ (ミカ・タレッサ・トッド) นักร้องสาวสัญชาติอเมริกันสมาชิกกลุ่มนักร้องโคโคนัทส์มุซุเมะ (ココナッツ娘。) ให้เข้ามาเป็นสมาชิกใหม่อีกคนหนึ่ง ทำให้กลุ่มนี้เพิ่ม “รสชาติความเป็นนานาชาติ” เข้าไปอีก และหลังจากนั้น สึงกุก็ทำให้พวกเธอเป็นกลุ่มนักร้องที่มีความเป็นทางการมากขึ้น โดยสร้างเพลงซิงเกิลแรกให้พวกเธอ นั่นคือเพลง "มินิโมนิ จังเก็มเปียวน์!" (ミニモニ。ジャンケンぴょん!) ซึ่งต่อมาเพลงนี้ยังได้รับความนิยมอันดับ 1 จากผู้ฟังอีกด้วย

ในช่วงแรก ถึงแม้ว่ามินิโมนิจะมุ่งเอาใจเหล่าผู้ฟังอายุน้อยเป็นส่วนใหญ่ (ทั้ง ๆ ที่มีสมาชิกอยู่สองคน นั่นคือมาริ ยางูจิ และมิกะ ทอดด์ ที่อยู่ในช่วงวัยรุ่นตอนปลายแล้วก็ตาม) พวกเธอก็ยังมีฐานแฟนเพลงที่มีอายุมากเช่นกัน โดยส่วนหนึ่งนั้นเป็นเหล่าผู้ปกครองของแฟนเพลงวัยรุ่นที่ชื่นชอบมินิโมนิอยู่แล้ว และอีกส่วนหนึ่งก็คือแฟนเพลงอายุมากที่ตามมาให้กำลังใจจากมอร์นิงมุซุเมะ (โดยเฉพาะกลุ่มผู้นิยมมาริ ยางูจิ, ไอ คาโงะ และโนโซมิ สึจิ)

ในช่วงปี พ.ศ. 2544 และ 2545 สาวน้อยทั้งสี่คนได้ร่วมกันสร้างงานเพลงซิงเกิลออกมาหลายเพลง ซึ่งเกือบทุกเพลงถูกนำไปรวมเข้าเป็นผลงานอัลบั้มแรกของพวกเธอ ภายใต้ชื่อ "มินิโมนิ ซอง ไดเฮียกกะ 1 คัง" (ミニモニ。ソング大百科１巻) โดยแนวเพลงแต่ละเพลงในอัลบั้มนี้ค่อนข้างที่จะมีความแตกต่างและหลากหลายอย่างมาก โดยมีทั้งแนวบลูส์ อีเลคทรอนิกา มาร์ช แจซ เรกเก้ และโซลในแนวยุคทศวรรษที่ 60

นอกจากงานเพลงแล้ว กลุ่มมินิโมนิยังถูกนำไปสร้างเป็นตัวเอกในการ์ตูนชุดขนาดสั้นของพวกเธอเองที่ชื่อ "ยารูโนดะเพียวน์!" ซึ่งสมาชิกแต่ละคนยังได้ให้เสียงพากษ์ด้วยตัวเองอีกด้วย นอกจากนั้น พวกเธอยังมีโอกาสไปพากษ์เสียงในการ์ตูนชุด "แฮมทาโร่" (Hamtaro) ในตอนที่มีตัวละครหนูแฮมสเตอร์ซึ่งออกแบบจากสมาชิกกลุ่มมินิโมนิเข้ามาร่วมแสดง โดยทางกลุ่มยังได้ร้องเพลงสองเพลงเพื่อใช้ประกอบการ์ตูนเรื่องนี้โดยเฉพาะด้วย โดยร้องในนามของ "มินิแฮมส์" (Mini Hams)

ส่วนการปรากฏตัวผ่านรายการโทรทัศน์ครั้งแรกของมินิโมนิ อยู่ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2543 ในช่วงย่อยของรายการเฮลโล! มอร์นิง ที่ชื่อ "มินิโมนิอาร์ไทนี" (Mini Moni Are Tiny)

ในปี พ.ศ. 2545 มาริ ยางูจิ ได้ 'สำเร็จการศึกษา' ออกจากมินิโมนิไป เพื่อไปอยู่กับกลุ่มนักร้องที่ชื่อว่า "ซิกส์" (ZYX) ในฐานะของหัวหน้ากลุ่ม (กลุ่มซิกส์นี้เป็นกลุ่มนักร้องของเฮลโล! โปรเจกต์ (Hello! Project) กลุ่มแรกที่นำเอานักร้องจากสังกัดย่อยเฮลโล! โปรเจกต์ คิดส์ (Hello! Project Kids) มาร่วมทำงานด้วย) ผู้ที่เข้ามาแทนตำแหน่งของยางูจิก็คือ ไอ ทากาฮาชิ (高橋愛)[1] ส่วนตำแหน่งหัวหน้ากลุ่มนั้น ผู้ที่ขึ้นมาดูแลต่อจากยางูจิก็คือมิกะ ทอดด์ นั่นเอง ซึ่งในปีเดียวกันนั้น สมาชิกทั้งห้าของกลุ่มก็ได้ออกผลงานการแสดงในภาพยนตร์เรื่อง "มินิโมนิจะ มูวีฟ์: โอกาชินะไดโบเก็ง (มินิโมนิเดอะมูวีฟ์: เดอะเกรตเค้กแอดเว็นเจอร์)" (ミニモニ。じゃ ムービー お菓子な大冒険!/Minimoni the Movie: The Great Cake Adventure) ที่มีเนื้อเรื่องบางส่วน "อธิบาย" ให้ผู้ชมได้รู้ถึงเหตุผลของการออกไปอยู่กับซิกส์ของยางูจิ และการเข้ามาร่วมกับกลุ่มของทากาฮาชิด้วย

นอกจากนั้นแล้ว พวกเธอยังได้แสดงในละครสั้นเรื่อง "เบรเม็นทาวน์มิวสิเชียนส์" (Brementown Musicians) อีกด้วย โดยบทบาทเด่นในเรื่องนี้ อยู่ที่ ไอ ทากาฮาชิ, ไอ คาโงะ และโนโซมิ สึจิ ส่วนมิกะ ทอดด์ นั้น เธอมาปรากฏตัวอยู่เพียง 2 ตอนแรกของเรื่องเท่านั้น

มินิโมนิเริ่มที่จะมีกลิ่นไอความเป็นผู้ใหญ่มากขึ้นตอนที่พวกเธอออกผลงานเพลงแนวโมเดิร์นอาร์แอนด์บีที่ชื่อ "เครซีอเบาท์ยู" (CRAZY ABOUT YOU) มาในอัลบั้มชุด "มินิโมนิซองส์ 2" (Minimoni Songs 2) ซึ่งเป็นอัลบั้มชุดที่ 2 แต่อย่างไรก็ตาม พวกเธอก็กลับเข้าสู่ด้าน "ติงต๊อง" อีกครั้งหนึ่ง ในงานเพลงที่พวกเธอร้องให้กับการ์ตูนแฮมทาโร่ตามที่ได้กล่าวไปแล้ว

ในช่วงนี้ มาริ ยางูจิ ยังได้กลับมาร้องเพลงกับมินิโมนิอีก 3 เพลงด้วยกัน โดย 2 ใน 3 เพลงนั้น เป็นเพลงที่ใช้ประกอบภาพยนตร์เรื่อง "โอกาชินะไดโบเก็ง"

หลังจากที่พวกเธอสร้างเพลงซิงเกิลสุดท้ายที่ชื่อ "ลัคกีช่าช่าช่า!" (Lucky Cha Cha Cha!) ออกมา จุดสิ้นสุดของกลุ่มนี้ก็เกิดขึ้น เมื่อมิกะ ทอดด์ ได้ 'สำเร็จการศึกษา' จากมินิโมนิไปในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2547 เพื่อเดินทางไปศึกษาต่อทางด้านดนตรีที่นครลอสแอนเจลิส สหรัฐอเมริกา ประกอบกับด้านโนโซมิ สึจิ และไอ คาโงะ ก็ 'สำเร็จการศึกษา' จากมอร์นิงมุซุเมะเพื่อไปตั้งกลุ่มนักร้องของพวกเธอเองที่ชื่อ "ดับเบิลยู" (W) เมื่อเป็นเช่นนี้ มินิโมนิจึงต้องยุติหน้าที่ลงไปอย่างเป็นทางการ เนื่องจากว่าเหลือสมาชิกเพียงคนเดียวคือทากาฮาชิ แต่ถึงอย่างไรก็ตาม เพลงของพวกเธอก็ยังถูกศิลปินร่วมสังกัดเฮลโล! โปรเจกต์ คนอื่น ๆ นำไปร้องในการแสดงคอนเสิร์ตต่าง ๆ อยู่จนถึงปัจจุบัน