มิวนิกสร้างขึ้นเมื่อค.ศ. 1158 เมื่อแคว้นบาวาเรียรวมตัวกันสำเร็จในค.ศ. 1506 มิวนิกจึงกลายเป็นเมืองหลวงของบาวาเรียปี ค.ศ. 1806 มิวนิกเป็นเมืองหลวงของราชอาณาจักรบาวาเรียที่สถาปนาใหม่ ในช่วงนั้นมิวนิกถือเป็นเมืองใหญ่ที่สุดในยุโรปพื้นทวีป มิวนิกมีประชากร 100,000 คนเมื่อค.ศ. 1946 และ 500,000 คนเมื่อ ค.ศ. 1901

หลังจากถูกโจมตีในช่วงสงครามโลกครั้งที่หนึ่ง ราชวงศ์ที่ปกครองมิวนิกได้หลบหนีไปอยู่เมืองอื่น จึงเปิดโอกาสให้ลัทธิคอมมิวนิสต์ปกครองมิวนิกแทนในปีค.ศ. 1919 แต่ก็ปกครองได้ไม่นานนัก เนื่องจากถูกโค่นล้มโดยกลุ่มนักการทหารไฟรคอร์

ค.ศ. 1923 อดอล์ฟ ฮิตเลอร์และพรรคนาซีพยายามยึดอำนาจการปกครองมิวนิกที่เรียกว่ากบฏโรงเบียร์ การปฏิวัติล้มเหลว ส่งผลให้ฮิตเลอร์ถูกจับกุม กิจกรรมของพรรคนาซีต้องหยุดลง ก่อนที่ฮิตเลอร์จะกลับมามีอำนาจอีกครั้งในค.ศ. 1933 โดยที่ทำการใหญ่ของพรรคนาซีเยอรมันอยู่ในมิวนิก

มิวนิกเสียหายอย่างหนักในสงครามโลกครั้งที่สอง เนื่องจากถูกทิ้งระเบิดถึง 71 ครั้งในช่วง 5 ปี หลังจากสหรัฐอเมริกายึดครองมิวนิกสำเร็จในค.ศ. 1945 มิวนิกก็ฟื้นฟูขึ้นมาใหม่อย่างรวดเร็ว มีประชากรเกิน 1 ล้านคนในค.ศ. 1957

มิวนิกได้จัดการแข่งขันกีฬาโอลิมปิก ค.ศ. 1972 ที่สนามกีฬาโอลิมปิก โดยโอลิมปิกครั้งนี้เกิดเหตุการณ์ผู้ก่อการร้ายชาวปาเลสไตน์ ได้บุกเข้าไปสังหารนักกีฬาชาวอิสราเอล ปฏิบัติการช่วยเหลือตัวประกันล้มเหลว ส่งผลให้ตัวประกันชาวอิสราเอลเสียชีวิตทั้งหมด

มิวนิกยังเป็นหนึ่งในเมืองที่จัดการแข่งขันฟุตบอลโลก 1974 และฟุตบอลโลก 2006