สโมสรก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1990 ในนามพรีม่าอาเซโน เอฟซี โดยพนักงานโรงงานของพรีม่าแฮม (ซึ่งเป็นบริษัทอาหาร) ในสึชิอุระ ก่อนเปลี่ยนชื่อเป็นพรีม่าแฮม เอฟซี สึชิอุระ และได้รับการเลื่อนชั้นสู่ฟุตบอลลีกญี่ปุ่นหลังจากจบการแข่งในฐานะรองชนะเลิศในการแข่งขันเพลย์ออฟลีกภูมิภาคปี ค.ศ. 1996 ทีมนี้ได้รวมกับสโมสรฟุตบอลมิโตะ (ที่ได้รับการก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1994) แล้วเปลี่ยนชื่อเป็นมิโตะ ฮอลลีฮอก ก่อนเริ่มฤดูกาล 1997 เมื่อพรีม่าแฮมตัดสินใจเลิกการสนับสนุนทางการเงินให้แก่สโมสร

การร้องขอของทีมมิโตะในการเปิดตัวเจลีก ดิวิชัน 2 ฤดูกาล 1999 ได้รับการปฏิเสธในขั้นต้น เนื่องจากฐานการเงินและฐานแฟน ๆ ที่ไม่เสถียร อย่างไรก็ตาม หลังจากจบการแข่งในอันดับที่ 3 ในฟุตบอลลีกญี่ปุ่นเมื่อปี ค.ศ. 1999 และได้รับการสนับสนุน ทางสโมสรก็ได้รับเชิญให้เข้าร่วมการแข่งเจลีกในปี ค.ศ. 2000

ส่วนในปี ค.ศ. 2016 มิโตะ ฮอลลีฮอก ได้จัดทำทีมฟุตบอลหญิง[1] ในคันโตลีก ดิวิชัน 2 และทีมฮอกกี้น้ำแข็ง[2] ในลีกของจังหวัดอิบะระกิ