พื้นที่ที่เป็นมุตสึซาวะในปัจจุบันเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นโบราณที่ชื่อ แคว้นคาซูซะ มีผู้ตั้งถิ่นฐานมาตั้งแต่สมัยโบราณ และมีเนินสุสานหลายแห่งจากยุคโคฟุง วัดเมียวรากูจิ วัดที่ก่อตั้งขึ้นในยุคเฮอัง เป็นที่ตั้งของรูปปั้นไม้ไดนิจิ เนียวไร ซึ่งได้รับการแต่งตั้งให้เป็นหนึ่งในสมบัติทางวัฒนธรรมที่สำคัญของญี่ปุ่น ต่อมาในยุคเอโดะ พื้นที่นี้ได้เป็นส่วนหนึ่งของแคว้นศักดินาโอตากิ หมู่บ้านสึจิมุตสึ และหมู่บ้านมิซูซาวะ ได้ก่อตั้งขึ้นโดยเป็นการจัดตั้งใหม่ในระบบเทศบาลเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1889 ทั้งสองหมู่บ้านได้รวมเข้าด้วยกันเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 1955 และรวมเข้ากับส่วนหนึ่งของเมืองโชนัน ตั้งเป็นหมู่บ้านมุตสึซาวะ และได้รับการยกฐานะเป็นเมืองเมื่อวันที่ 1 เมษายน 1983