เกิดที่คอเจ, เกาหลีใต้ มุน แจ-อิน เป็นบุตรชายคนแรกของมุน ยง-ฮย็อง (บิดา) และ คัง ฮัน-อ๊ก (มารดา) มีพี่น้องทั้งหมดห้าคน บิดาของเขาเป็นผู้ลี้ภัยจากจังหวัดฮัมคย็องใต้ โดยบิดาของมุนหลบหนีออกมาจากเมืองเกิด ฮัมฮึง ระหว่างการล่าถอยฮัมฮึง บิดาของเขามาตั้งรกรากที่เมืองคอเจ โดยเป็นแรงงานที่ค่ายนักโทษสงครามคอเจ และในที่สุดแล้วครอบครัวของเขาก็ได้มาตั้งรกรากกันที่ปูซาน และมุนเข้ารับการศึกษาที่โรงเรียนมัธยมคย็องนัม ซึ่งเป็นโรงเรียนที่มีชื่อเสียงมากที่สุดที่ตั้งอยู่นอกโซล ต่อมาเขาเข้าศึกษาต่อที่มหาวิทยาลัยคย็องฮี ในสาขากฎหมาย โดยเขาถูกจับกุมและขับไล่ออกจากมหาวิทยาลัย ซึ่งในข้อหาที่เขาเป็นผู้จัดการนักศึกษาเพื่อประท้วงต่อต้านรัฐธรรมนูญยูซิน ต่อมาเขาถูกบังคับให้เข้าระดมพลในกองทัพ และถูกเกณฑ์เข้าไปอยู่ในหน่วยรบพิเศษ ที่ซึ่งเขาเข้ามีส่วนร่วมในปฏิบัติการทางทหารระหว่างเหตุการณ์การฆาตกรรมโดยใช้ขวาน ภายหลังปลดประจำการ เขาสำเร็จการศึกษาเป็นเนติบัณฑิต และได้รับการตอบรับเข้าสู่สถาบันวิจัยทางตุลาการ และฝึกอบรม โดยเขาได้รับคะแนนสูงสุดเป็นลำดับสองในรุ่น แม้ว่าเขาจะทำคะแนนได้อย่างดีเยี่ยมในการอบรม แต่เขาไม่ได้รับการยอมรับให้เข้าเป็นผู้พิพากษา เนื่องจากเขาเคยเป็นผู้จัดการการประท้วงของนักศึกษา[1] และเขาได้เลือกที่จะเป็นทนายความแทน และในปี พ.ศ. 2559 เขาได้ก้าวลงจากตำแหน่งหัวหน้าพรรคมินจู