มุรซีเกิดในภาคเหนือของอียิปต์ เขาได้รับวุฒิการศึกษาในระดับปริญญาตรีและปริญญาโทในสาขาวิศวกรรมศาสตร์จากมหาวิทยาลัยไคโรใน ค.ศ. 1975 และ 1978 ตามลำดับ ภายหลังจากนั้น เขาก็ได้รับวุฒิการศึกษาในระดับปริญญาเอกจากมหาวิทยาลัยเซาเทิร์นแคลิฟอร์เนียที่สหรัฐอเมริกาใน ค.ศ. 1982 และเขาได้เป็นผู้ช่วยศาสตราจารย์ที่มหาวิทยาลัยแห่งรัฐแคลิฟอร์เนีย นอร์ทริดจ์ ตั้งแต่ ค.ศ. 1982 ถึง 1985 เขากลับไปยังอียิปต์อีกครั้งเพื่อการสอนที่มหาวิทยาลัยซากาซิก[3]