คณะนักโบราณคดีของฌ็อง-บาติสต์ เชอว็องซ์ ประมาณว่า เมืองมเหนทรบรรพตกำเนิดขึ้นใน ค.ศ. 802 ฉะนั้น เมืองมเหนทรบรรพตจึงเก่ากว่านครวัดราว 350 ปี[2]

เมืองมเหนทรบรรพตตั้งขึ้นในรัชกาลพระเจ้าชัยวรมันที่ 2 ผู้สถาปนาจักรวรรดิเขมร และรับการอภิเษกเป็นพระเจ้าจักรพรรดิ ณ พนมกุเลน ภูเขาอันเป็นที่ตั้งเมืองมเหนทรบรรพต[4]:99–101[5]

พระเจ้าชัยวรมันที่ 2 ตั้งเมืองมเหนทรบรรพตนี้ขึ้นเพื่อป็นราชสำนักหนึ่งในสามแห่งของพระองค์ อีกสองแห่งคือ อมเรนทรปุระ (អមរេន្ទ្របុរៈ อมเรนฺทฺรบุระ̤ "เมืองพระอินทร์") และหริหราลัย (ហរិហរាល័យ หริหราลัย "เมืองพระหริหระ")[6]