ยมกปกรณ์อรรถกถาเป็นการขยายความยมกปกรณ์ให้พิสดารยิ่งขึ้น โดยมีรูปแบบของการอธิบายศัพท์ และการถามตอบข้อธรรมที่มีความลึกซึ้ง เช่น การยกศัพท์ขึ้นมาอธิบายว่า "คำว่า อญฺญมญฺญมูลานิ จ (แปลว่า) เป็นมูลซึ่งกันและกันด้วย อธิบายว่า มูลทั้งหลายย่อมเป็นเหตุเป็นปัจจัย กะกันและกันโดยเป็นเหตุเป็นปัจจัย ในปฏิโลมปุจฉา ไม่ตรัสว่า สพฺเพ เต ธมฺมา กุสลมูเลน เอกมูลา (แปลว่า) ธรรมเหล่านั้นทั้งหมดมีมูลเป็นอันเดียวกันกับกุศลมูล แต่ตรัสว่า สพฺเพ เต ธมฺมา กุสลา (แปลว่า) ธรรมเหล่านั้นทั้งหมดเป็นกุศล" [5] ดังนี้เป็นต้น

หลังจากการยกศัพท์แล้ว อาจมีการตั้งบทปุจฉา-วิสัชชนา (ถามตอบ) ความนัยของศัพท์ที่มีความลึกซึ้งในทางธรรม เช่น จากที่ทรงตรัสว่า สพฺเพ เต ธมฺมา กุสลา (ธรรมเหล่านั้นทั้งหมดเป็นกุศล) ผู้แต่งได้ตั้งคำถามต่อว่า "ถามว่า เพราะเหตุไร?" จากนั้นจึงตั้งคำตอบว่า "ตอบว่า เพราะไม่มีเนื้อความแปลกกัน ก็เมื่อจะทำการปุจฉาว่า กุสลมูเลน เอกมูลา (แปลว่า) มีมูลเป็นอันเดียวกันกับกุศลมูลหรือ ดังนี้ พึงทำการวิสัชชนาตามนัยที่กล่าวแล้วในหนหลังว่า มูลานิ ยานิ เอกโต อุปฺปชฺชนติ (แปลว่า) มูลทั้งหลายเหล่าใดเกิดขึ้นคราวเดียวกัน ก็เมื่อความแปลกกันแห่งเนื้อความไม่มีอยู่ เหตุนั้น พระองค์จึงไม่ทรงกระทำการถามอย่างนั้น แต่ทรงกระทำการถามอย่างนี้แม้ในมูลนัย" [6] เป็นต้น