เกิดการลอบสังหารบุคคลทั่วโลก ผู้ต้องสงสัยเป็นสายลับคนหนึ่งซึ่งพยายามเข้าถึงแฟ้มข้อมูลลับหลายรายการ สายลับรายนี้บุกเข้ากองบัญชาการตำรวจญี่ปุ่น เพื่อเอาแฟ้มข้อมูลเกี่ยวกับเจ้าหน้าที่ที่หน่วยสืบราชการลับหลายแห่งส่งเข้าไปแฝงตัวในองค์กรชุดดำ แต่ก่อนที่สายลับผู้บุกรุกจะชิงเอาแฟ้มข้อมูลไปได้ เร ฟุรุยะ (Rei Furuya) หรือเบอร์เบิน (Bourbon) สมาชิกองค์กรชุดดำ ก็ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกองกำลังตำรวจลับ สายลับคนนั้นจึงหนีไปด้วยรถที่ชิงมา แต่เรขับรถของตนตามไปทัน รถทั้งสองเบียดเสียดกันอยู่บนทางหลวงจนเกือบคว่ำ ทันใด ชูอิจิ อากาอิ (Shuichi Akai) เจ้าหน้าที่เอฟบีไอ ก็ยิงรถสายลับคว่ำตกถนนจนระเบิด

วันถัดมา โคนันและผองเพื่อนไปเยือนพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำโทโตะ (Tohto Aquarium) ที่เปิดใหม่ ได้พบหญิงคนหนึ่ง ณ ชิงช้าสวรรค์ หญิงคนนั้นมีนัยน์ตาสองสี (heterochromia) และความจำเสื่อม ลืมเลือนชื่อเสียงเรียงนามของตนไปทั้งสิ้น โคนันกับพวกจึงช่วยนางฟื้นความจำ หารู้ไม่ว่า หญิงนั้นคือ คูราโซ (Curaçao) สมาชิกคนใหม่ขององค์กรชุดดำ เวลานั้น เบลม็อท (Vermouth) สมาชิกองค์กรชุดดำ ทราบเรื่องแล้วก็รายงานสหายร่วมองค์กรว่า "เป็นไปตามแผน ยิน" ("It's as planned, Gin.")