เจ้า หน้าที่กองกำลังป้องกันตนเองถูกฆ่า!สปายแทรกซึมในเรืออีจิส!เงื้อมมือชั่ว ร้ายที่ไล่ล่ารัน!ภารกิจฉุกเฉินสุดอันตราย!ทาร์เก็ตคือ ญี่ปุ่นทั้งประเทศ!เรือลึกลับไม่ทราบสัญชาติลำหนึ่งซึ่งบรรทุกระเบิดมาด้วย ผุดขึ้นเหนือทะเลอรุณรุ่ง และนั่นคือจุดเริ่มต้นของเรื่องทั้งหมด…ไกลออกไปนอกท่าเรือไมซึรุ เกียวโตกองกำลังป้องกันตนเองทางทะเลจัดกิจกรรมทัศนศึกษาล่องเรืออีจิสซึ่ง เป็นเรือรบมูลค่าม­หาศาลโคนัน รัน โคโกโร่ และเหล่าเด็กขบวนการนักสืบจิ๋วต่างก็ตื่นตาไปกับสรรพาวุธล้ำสมัยของเรือรบ ทรงแสนยานุภาพทว่าบัดนั้นเองก็มีเสียงดังกึกก้องสะท้าน บรรยากาศแห่งความพรั่นพรึงแผ่กระจายอยู่ในเรือ!หรือว่านั่นจะเป็นศพของเจ้า หน้าที่กองกำลังป้องกันตนเอง!มีจุดที่น่าสงสัยไม่น้อยหลงเหลืออยู่…โคนันท กระโจนเข้าสู่การสืบสวนพบว่ามีสายลับ “X” จากต่างประเทศปะปนอยู่บนเรือด้วยสายลับ “X” คือใคร? เกี่ยวข้องอะไรกับเรือไม่ทราบสัญชาติ?เงาของสายลับที่สะกดรอยตามพวกโค นัน…นี่คือเที่ยวเรือที่ซุกซ่อนอุบายร้ายอันจะสั่นสะเทือนญี่ปุ่นทั้งประเทศ อย่างเหนือยิ­่งกว่าความคาดหมายใดๆ!