หลังจากดยุกจอห์นที่ 3 เสียชีวิตเมื่อปี ค.ศ. 1425 ฟัน ไอก์ก็ไปทำงานกับฟิลิปที่ 3 ดยุกแห่งเบอร์กันดี ฟัน ไอก์อาศัยอยู่ที่ลีลหนึ่งปี ก่อนที่จะย้ายไปบรูชที่ซึ่งเขาตั้งหลักแหล่งจนกระทั่งเสียชีวิตเมื่อปี ค.ศ. 1441 หลักฐานหลายฉบับที่พิมพ์ในคริสต์ศตวรรษที่ 20 กล่าวถึงกิจการต่าง ๆ ที่ฟัน ไอก์ทำระหว่างที่เป็นช่างเขียนในสำนักของฟีลิป นอกจากจะเป็นช่างเขียนแล้ว ฟัน ไอก์ยังถูกส่งตัวไปทำงานอื่น ๆ โดยฟีลิปด้วย นอกจากจะเขียนภาพเหมือนสองภาพของอิซาเบลลาแห่งโปรตุเกสซึ่งฟัน ไอก์เขียนให้ฟีลิปในฐานะเป็นผู้แทนคนหนึ่งที่ไปขอตัวอิซาเบลลาในปี ค.ศ. 1428-1429 แล้วก็ไม่มีรายละเอียดเกี่ยวกับงานเหล่านั้นเท่าใดนัก

ในฐานะช่างเขียนประจำสำนักของดยุกฟีลิปนั้น ฟัน ไอก์ได้รับค่าใช้จ่ายเป็นอย่างดี เงินค่าจ้างประจำปีเป็นจำนวนสูงเมื่อเริ่มแรกและสูงขึ้นเท่าตัวเพียงในระยะเวลาสองสามปีต่อมา นอกจากนั้นก็ยังได้รับเงินโบนัสต่างหาก ค่าตัวสูงของฟัน ไอก์ทำให้เขาเป็นช่างเขียนที่ต่างไปจากช่างเขียนสมัยเนเธอร์แลนด์เริ่มแรก เพราะช่างเขียนคนอื่น ๆ ต้องพึ่งค่าจ้างเขียนต่อชิ้นเพื่อความอยู่รอด ฉะนั้นงานของฟัน ไอก์ต้องเป็นงานที่ยอมรับกันว่าเป็นงานที่มีฝีมือดี จากที่เห็นจากหลักฐานที่เขียนไว้เมื่อปี ค.ศ. 1435 เมื่อดยุกฟีลิปตำหนิผู้ดูแลการคลังว่าไม่ได้จ่ายเงินประจำปีให้กับฟัน ไอก์ และกล่าวว่าถ้าไม่จ่ายแล้วฟัน ไอก์ไปทำงานกับคนอื่น จะหาผู้มีความสามารถทั้งทางการเขียนภาพและทางวิทยาศาสตร์ได้ที่ไหน นอกจากนั้นดยุกผู้นี้ยังเป็นพ่อทูลหัวของลูกของฟัน ไอก์ และยังเลี้ยงภรรยาของฟัน ไอก์หลังจากฟัน ไอก์เสียชีวิตไปแล้ว และหลายปีต่อมาก็ยังให้ทุนช่วยให้ลูกสาวของฟัน ไอก์ได้เข้าคอนแวนต์ได้อีกด้วย