ยากูชิมะได้รับลงทะเบียนเป็นมรดกโลกในการประชุมคณะกรรมการมรดกโลกสมัยสามัญครั้งที่ 17 เมื่อปี พ.ศ. 2536 ที่เมืองการ์ตาเฮนา ประเทศโคลอมเบีย ด้วยข้อกำหนดและหลักเกณฑ์ในการพิจารณา ดังต่อไปนี้

• (vii) - เป็นตัวอย่างที่เด่นชัดของการเป็นตัวแทนในวิวัฒนาการสำคัญต่างๆในอดีตของโลก เช่น ยุคสัตว์เลื้อยคลาน ยุคน้ำแข็ง ซึ่งสะท้อนให้เห็นถึงการพัฒนาความหลากหลายทางธรรมชาติบนพื้นโลก
• (ix) - เป็นแหล่งที่เกิดจากปรากฏการณ์ทางธรรมชาติที่มีเอกลักษณ์หายากหรือสวยงามเป็นพิเศษ เช่น แม่น้ำ น้ำตก ภูเขา