อาจทำให้เกิดฝ้าขึ้นที่หน้า น้ำหนักตัวเพิ่ม ปวดศีรษะ เป็นต้น ทำให้ภาวะประจำเดือนผิดปกติ คือมีประจำเดือนกระปริดกระปรอย,ประจำเดือนมาไม่แน่นอน, สตรีบางคนประจำเดือนอาจไม่มาเลยในระหว่างที่ฉีดยาคุมกำเนิด หลังจากหยุดฉีดยาคุมกำเนิดแล้ว โอกาสมีบุตรอีกจะช้า บางคนอาจเป็นปี หรือหลายปีก็ได้ ดังนั้นสตรีที่จะฉีดยาคุมกำเนิดควรเคยมีบุตรมาแล้ว หรือไม่ต้องการมีบุตรอีก