ยาแบบที่มีแมกนีเซียมอย่างเดียว (เช่น แมกนีเซียมไฮดรอกไซด์) อาจทำให้ท้องร่วง แบบที่มีแคลเซียมหรืออะลูมิเนียมเท่านั้นอาจทำให้ท้องผูกและในระยะยาวแม้มีน้อย อาจก่อนิ่วไตส่วนแบบผสมกันระหว่างแมกนีเซียมและแคลเซียม/อะลูมิเนียม อาจจะสมดุลทำให้ไม่ท้องผูกท้องร่วงการใช้แบบอะลูมิเนียมในระยะยาวอาจเพิ่มความเสี่ยงต่อการมีภาวะกระดูกพรุน[4][6]

ยาลดกรดอาจเปลี่ยนการดูดซึมยาอื่น ๆ ที่ใช้อยู่ ดังนั้น มันอาจจะดีถ้าสามารถทานยาอื่น 1 ชม. ก่อน หรือ 4 ชม. หลังทานยาลดกรด[4]