ยุน โบ-ซ็อน เกิดที่ดันโป,เมืองอันซาน,จังหวัดชุงชองใต้ ในปี พ.ศ. 2440 เขาเป็นบุตรของ ยุน จิโซ (윤치소, 2414–2487) และท่านผู้หญิง อี บอมซุก (이범숙, 2419–2512) ยุนสำเร็จการศึกษาสาขาศิลปศาสตร์มหาบัณฑิตจากมหาวิทยาลัยเอดินบะระ ประเทศอังกฤษในปี พ.ศ. 2473 และกลับสู่มาตุภูมิในปี 2475 และต่อจากนั้นยุนก็เข้าสู่วงการการเมืองในปี 2488 ภายหลังจากที่เกาหลีเป็นเอกราช โดยมีอี ซึงมัน เป็นผู้ให้คำปรึกษา ซึ่งสำเร็จการศึกษาปรัชญาดุษฎีบัณฑิต จากมหาวิทยาลัยพรินซ์ตัน เป็นคนแรกในประเทศเกาหลี ซึ่งยุนสามารถเรียนรู้เรื่องจริยศาสตร์และศีลธรรมจากอีได้ และในปี 2490 ยุนก็ได้ดำรงตำแหน่งเป็นเลขาธิการแห่งเกาหลีใต้

ในปี พ.ศ. 2491 ยุนได้รับแต่งตั้งจากอี ซึงมันให้เป็นนายกเทศมนตรีโซล ในปีถัดมา เขาได้รับการแต่งตั้งเป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงพาณิชย์และอุตสาหกรรม และในไม่ช้าเขาก็เริ่มมีความคิดเห็นที่ไม่ตรงกันกับนโยบายของอี ซึงมันที่เป็นเผด็จการ และถัดมาเขาก็ได้เป็นนายกสภากาชาดเกาหลีใต้ ก่อนที่จะได้รับเลือกตั้งเข้าไปในสภาแห่งชาติในปี พ.ศ. 2497 ในปีถัดมาเขาก็ได้ก่อตั้งพรรคฝ่ายค้านคือพรรคประชาธิปัตย์ และในปี พ.ศ. 2502 ก็ได้ดำรงตำแหน่งสมาชิกสภาสูงสุดของพรรคประชาธิปัตย์

ภายหลังจากรัฐบาลของ อี ซึงมันต้องออกจากตำแหน่งไปเนื่องจากการประท้วงใหญ่ของนักศึกษา ยุนถูกได้รับเลือกตั้งเข้ามาเป็นประธานาธิบดีในวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ. 2503 แต่ก็เป็นประธานาธิบดีแต่ในนามเท่านั้น เพราะเกาหลีใต้ได้เปลี่ยนเป็นระบบรัฐสภาซึ่งมีนายกรัฐมนตรีเป็นหัวหน้าฝ่ายบริหารเพื่อป้องกันการรวบอำนาจของประธานาธิบดี ภายหลัง พัก จองฮี รัฐประหารในปี 2504 เขายังดำรงตำแหน่งที่ชอบด้วยกฎหมายอยู่ระยะเวลาหนึ่งก่อนที่จะลาออกไปในวันที่ 22 มีนาคม พ.ศ. 2505 เขาต่อต้านระบอบเผด็จการของพัก และลงสมัครรับเลือกตั้งประธานาธิบดีอีก 2 ครั้งคือในปี พ.ศ. 2506 และ พ.ศ. 2510 และพ่ายแพ้ทั้งสองครั้ง ภายหลังจากที่ได้รับโทษหลายครั้งเนื่องจากดำเนินกิจกรรมต่อต้านรัฐบาล ในปี พ.ศ. 2523 ยุนก็วางมือทางการเมืองและมุ่งมั่นเกี่ยวกับกิจกรรมทางวัฒนธรรมจนกระทั่งถึงแก่อสัญกรรมเนื่องจากอาการเบาหวานและโรคความดันโลหิตสูง ในปี พ.ศ. 2533