การสืบพันธุ์ของยูกลีนาเป็นแบบไม่อาศัยเพศ โดยการแบ่งเซลล์ตามยาวจากด้านหน้าไปยังด้านท้าย ในสภาพอากาศที่ไม่เหมาะสมยูกลีนาจะแบ่งตัวในซีสต์ โดยเซลล์หดตัวเป็นรูปกลมหุ้มด้วยเยื่อเจลลาติน (Gelationous covering) เป็นการเข้าเกราะ จากนั้นยูกลีนาจึงเริ่มแบ่งตัว ซึ่งจะได้ยูกลีนามากกว่า 1 ตัวใน 1 ซีสต์ #เพิ่มเติมยูกลีนามีตะขอใช่ดักศัตรู และเวลาเคลื่อนที่จะชิดคอบฟาไปเลื่อนๆ