ทีมสโมสรทั้งหมด 189 ทีมจากทั้งหมด 54 ใน 55 สมาชิกสมาคมของแต่ละประเทศ ที่จะเข้าร่วมการแข่งขันในยูฟ่ายูโรปาลีก ฤดูกาล 2016–17 (ทีมที่จะมาเข้าร่วมมาจาก คอซอวอ, ซึ่งเป็นชาติใหม่ที่เข้ามาเป็นสมาชิกยูฟ่าเมื่อวันที่ 3 พฤษภาคม ค.ศ. 2016 ซึ่งได้รับการรับรองแล้ว)[3] โดยการจัดอันดับของแต่ละสมาคมขึ้นอยู่กับค่าสัมประสิทธิ์ยูฟ่าซึ่งจะถูกใช้ในการกำหนดจำนวนทีมที่จะเข้าร่วมในแต่ละสมาคม โดยมีคุณสมบัติดังนี้

• สมาคมฟุตบอลจากประเทศอันดับ 1–51 (ยกเว้นลิกเตนสไตน์) แต่ละสมาคมจะมีสามทีมที่มีคุณสมบัติเข้าการแข่งขัน
• สมาคมฟุตบอลจากประเทศอันดับ 52–54 (ยกเว้นยิบรอลตาร์) แต่ละสมาคมจะมีสองทีมที่มีคุณสมบัติเข้าการแข่งขัน
• ลิกเตนสไตน์และยิบรอลตาร์จะมีทีมเดียวที่มีคุณสมบัติเข้าการแข่งขัน (ลิกเตนสไตน์จัดการแข่งขันเฉพาะถ้วยในประเทศเท่านั้นและไม่มีลีกในประเทศเข้าร่วมแข่งขัน ส่วนกรณียิบรอลตาร์เป็นไปตามการตัดสินใจของคณะกรรมการบริหารยูฟ่า)
• นอกจากนี้ ทีม 33 ทีมที่ตกรอบมาจาก ยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2016–17 จะถูกโอนย้ายไปยังยูโรปาลีก

อันดับสมาคมฟุตบอลของแต่ละประเทศ

สำหรับยูฟ่ายูโรปาลีก ฤดูกาล 2016–17 แต่ละสมาคมจะได้รับการจัดอันดับตาม ค่าสัมประสิทธิ์แต่ละประเทศของยูฟ่าในปี 2015 ซึ่งคำนวณจากการทำผลงานแข่งขันระดับสโมสรยุโรปตั้งแต่ฤดูกาล 2010–11 ถึงฤดูกาล 2014–15.[4][5]

นอกเหนือจากการจัดสรรซึ่งจะยึดเป็นหลักในการคิดค่าสัมประสิทธิ์ประเทศ, สมาคมอาจจะมีทีมที่เข้าร่วมในยูโรปาลีก, ตามที่ระบุไว้ด้านล่าง:

• (CL) – ทีมเพิ่มเติมที่โยกย้ายมาจาก ยูฟ่า แชมเปียนส์ ลีก

ทีม