ภายหลังจากที่รถด่วนพิเศษอีสานมรรคาได้เริ่มให้บริการ การรถไฟฯ ได้ยกเลิกขบวนรถด่วนที่ 69/70 กรุงเทพ–หนองคาย–กรุงเทพ ซึ่งเคยเป็นขบวนรถที่มีศักดิ์สูงที่สุดในสายตะวันออกเฉียงเหนือตอนบนก่อนที่รถด่วนพิเศษอีสานมรรคาจะเริ่มเดินรถ นอกจากนี้ยังได้ปรับเวลาการเดินรถของขบวนรถด่วนที่ 77/78 กรุงเทพ–หนองคาย–กรุงเทพ