รหัสซีซาร์ได้รับชื่อตามจูเลียส ซีซาร์ ผู้ซึ่งใช้การแปลงตัวอักษรเพื่อปกป้องข้อมูลทางการทหารที่มีความสำคัญ แต่ถึงแม้ว่ารหัสซีซาร์จะเป็นการเข้ารหัสแบบแทนที่ตัวอักษรที่ถูกบันทึกไว้เป็นแบบแรก ก็ได้ปรากฏว่าได้มีรหัสแบบอื่นที่ได้มีการใช้งานก่อนหน้านั้นแล้ว

ส่วนหลานชายของเขา ออกุสตุส ซีซาร์ ได้ใช้วิธีเข้ารหัสแบบเดียวกันนี้ แต่เปลี่ยนไปใช้การแทนที่ตัวอักษรที่อยู่ถัดไปหนึ่งตัวแทน และไม่ได้ใช้ครอบคลุมรวมไปถึงตัวอักษรตัวแรกด้วย

นอกจากนั้นยังได้ปรากฏหลักฐานอีกว่าจูเลียส ซีซาร์ได้คิดค้นรหัสลับที่มีความสลับซับซ้อนกว่านี้อีก อย่างเช่น นักเขียนคนหนึ่งที่มีชื่อว่า อุลุส เกลเลียส ได้กล่าวถึงตำราการเข้ารหัสของซีซาร์ว่า:

ไม่ได้มีการบันทึกแต่อย่างใดว่ารหัสดังกล่าวมีประสิทธิภาพมากเพียงใด แต่ก็ดูเหมือนว่ารหัสดังกล่าวจะให้ความปลอดภัยแก่สารลับอยู่ในระดับหนึ่ง เพราะศัตรูส่วนใหญ่ของซีซาร์นั้นคือ บุคคลที่สามารถอ่านออกเขียนได้แล้ว ซึ่งพวกเขาเหล่านั้นต่างก็เชื่อว่า ซีซาร์ใช้ภาษาต่างประเทศที่ไม่มีใครอื่นรู้จักในการส่งสาร เนื่องจากเกรงว่าจะมีผู้ที่สามารถถอดข้อความในสารลับได้ ดังนั้นจึงไม่มีการบันทึกเทคนิกการถอดรหัสการแทนที่ตัวอักษรในขณะนั้น ประวัติศาสตร์วิทยาการเข้ารหัสที่ย้อนกลับไปไกลที่สุดถูกบันทึกไว้ในคริสต์ศตวรรษที่ 9