ฌาคส์ โซนิแยร์ ภัณฑารักษ์แห่งพิพิธภัณฑ์ลูฟวร์และประมุขแห่งสมาคมไพรเออรีออฟไซออน ถูกไซลาส นักบวชผิวเผือกผู้ทำงานให้กับบุคคลลึกลับที่ใช้ชื่อว่า "ท่านอาจารย์" ยิงเสียชีวิต มีคนพบร่างเขาในสภาพนอนกางแขนขาคล้ายภาพ "วิทรูเวียนแมน" และมีรูปดาวห้าแฉกอยู่บนตัว เจ้าหน้าที่ตำรวจจึงเรียกโรเบิร์ต แลงดอน ศาสตราจารย์ด้านสัญลักษณ์วิทยาแห่งมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ซึ่งในขณะนั้นมาบรรยายที่กรุงปารีสมาช่วยไขปริศนา

เจ้าหน้าที่ถอดรหัสของกรมตำรวจฝรั่งเศส โซฟี เนอเวอ ได้ลอบบอกแลงดอนว่าโซนิแยร์เป็นคุณตาของเธอเองและพวกตำรวจเชื่อว่าแลงดอนเป็นคนร้าย เนื่องจากหนึ่งในหลักฐานที่พบคือ ข้อความ "ตามหาโรเบิร์ต แลงดอน" แต่ถูกลบออกก่อนหน้านี้ แลงดอนและโซฟีตัดสินใจหนีออกจากพิพิธภัณฑ์และไปที่ธนาคารรับฝากทรัพย์สินซูริก สาขาปารีส แล้วใช้ลำดับเลขฟีโบนัชชีที่โซนิแยร์ทิ้งไว้เป็นรหัสผ่าน ทั้งคู่พบรหัสลิขิต ซึ่งเป็นกระบอกใส่ข้อความ จะเปิดได้ก็ต่อเมื่อถอดรหัส 5 ตัวให้ถูกต้อง หากพยายามจะเปิดด้วยวิธีอื่น กระบอกน้ำส้มสายชูที่อยู่ภายในจะแตกและจะทำลายข้อความซึ่งเขียนบนกระดาษพาไพรัส

ต่อมา แลงดอนและโซฟีได้เดินทางไปพบเซอร์ ลีห์ ทีบบิง ผู้เชี่ยวชาญด้านจอกศักดิ์สิทธิ์และเพื่อนของแลงดอน เขาอธิบายว่าโฮลี่เกรลไม่ได้หมายถึง "จอก" จริง ๆ แต่หมายถึงหลุมศพของแมรี แม็กดาเลน ทั้งสามจึงเดินทางตามหาหลุมศพดังกล่าวโดยใช้เครื่องบินส่วนตัวของทีบบิงบินออกนอกประเทศ พวกเขาสามารถเปิดรหัสลิขิตได้ แต่พบรหัสลิขิตอีกอันกับบทกวีปริศนาที่พาพวกเขาไปที่หลุมฝังศพของเซอร์ ไอแซก นิวตันในมหาวิหารเวสต์มินสเตอร์

เมื่อทั้งหมดไปถึง ทีบบิงก็เผยตัวตนว่าเขาเป็น "ท่านอาจารย์" ซึ่งต้องการโฮลี่เกรลในการทำลายศรัทธาของนครรัฐวาติกัน เขาจับโซฟีเป็นตัวประกันแล้วบังคับให้แลงดอนเปิดรหัสลิขิตชิ้นสุดท้าย ซึ่งแลงดอนทำได้สำเร็จและแกล้งทำลายรหัสลิขิตทิ้งต่อหน้าทีบบิง ต่อมาทีบบิงถูกจับโดยตำรวจจากกรมตำรวจฝรั่งเศสที่ติดตามแลงดอนมา ขณะเดียวกันตำรวจก็ติดตามซิลาสไปที่ศูนย์โอปุสเดอีและเกิดการยิงต่อสู้กัน ซิลาสยิงพลาดไปถูกบิชอปอาริงกาโรซ่า ประมุขแห่งโอปุสเดอีและผู้อุปถัมภ์เขาแต่เขารอดชีวิต ส่วนซิลาสถูกยิงเสียชีวิตในที่สุด

ข้อความในรหัสลิขิตชิ้นสุดท้าย พาแลงดอนและโซฟีไปที่วิหารโรสลินในสกอตแลนด์ ที่ซึ่งโซฟีได้พบกับพี่ชายและคุณยายที่ไม่ได้พบกันนาน คุณยายของเธอ มาเรีย โชเวล แซงต์-แคลร์ เป็นหนึ่งในผู้พิทักษ์ของไพรเออรีออฟไซออน ทำหน้าที่ปกป้องเชื้อสายของพระเยซูและแมรี แมกดาเลน หลังเกิดอุบัติเหตุที่คร่าชีวิตบิดาและมารดาของโซฟี เธอได้ส่งตัวโซฟีไปอยู่กับโซนิแยร์และดูแลพี่ชายของโซฟี

หลังเรื่องทุกอย่างยุติ แลงดอนได้เดินทางกลับปารีส เขาหวนนึกถึงข้อความสุดท้ายในบทกวี และพบว่าแท้จริงแล้ว "เกรล" อยู่ใต้พีระมิดขนาดเล็ก ใต้พีระมิดแก้วที่พิพิธภัณฑ์ลูฟวร์