รหัสลับเด็กข้างบ้าน จับเอาเรื่องราวสงครามระหว่างผู้ใหญ่กับเด็ก โดยฝ่ายผู้ใหญ่มีเป้าหมายที่จะทำให้เด็กอยู่ใต้อาณัติตน แต่ฝ่ายเด็กๆก็มีจะมีองค์กรพิเศษที่เรียกว่า "เด็กข้างบ้าน" ซึ่งเป็นองค์กรเด็กทั่วโลก ทำหน้าที่ควบคุมดูแลและช่วยเหลือเหล่าเด็กๆที่ถูกผู้ใหญ่บังคับให้ทำสิ่งต่างๆที่เขาไม่ต้องการ

ภารกิจในแต่ละตอนของเด็กข้างบ้านจะจับเอาประเด็นเรื่องทั่ว ๆ ไปที่เด็กทุกคนต้องเผชิญหน้า เช่น การใส่เหล็กดัดฟัน, งานวันเกิด, ทำการบ้าน หรือการกินผัก ซึ่งเรื่องราวเหล่านี้จะเสนอให้อยู่ในรูปแบบของสงครามระหว่างเด็กกับผู้ใหญ่ (เช่น วายร้ายทันตกรรม) นอกจากนั้นแล้วอาวุธต่างๆของเด็กข้างบ้านจะเป็นการเอาข้าวของเครื่องใช้ต่างๆมาประกอบเป็นอาวุธ โดยอุปกรณ์ อาวุธเหล่านี้ ถูกเรียกว่า เทคโนโลยี 2x4

ชื่อตอนทุกตอนของเด็กข้างบ้าน จะมาในรูปแบบของ "ปฏิบัติการ" โดยมีชื่อเป็นชื่อย่อแล้วค่อยเสนอเป็นชื่อเต็ม (เช่น Operation: C.A.K.E.D.) ยกเว้นเพียงตอน No P in the OOL และ Kenny and the Chimp รวมถึงอาวุธยุทโธปกรณ์ต่าง ๆ เช่นกัน