ในปัจจุบันมีภาษาโปรแกรมต่าง ๆ มากมายที่ใช้ในการพัฒนาระบบสมองกลฝังตัวเช่นภาษา assembly ภาษา C ,C++ หรือภาษาระดับสูงที่ถูกนำมาใช้ในการพัฒนาระบบสมองกลฝังตัวที่มีระบบปฏิบัติการเช่น C++JAVA หรือ Python โดยผู้ใช้สามารถเลือกใช้ภาษาในการพัฒนาระบบสมองกลฝังตัวได้ตามความเหมาะสมและความต้องการ