ระบบทางเดินอาหาร (อังกฤษ: Gastrointestinal tract, GI tract, alimentary canal หรือ gut) ระบบทางเดินอาหาร อาจเรียกอีกอย่างว่าระบบย่อยอาหาร (digestive tract) ระบบอวัยวะนี้มีเฉพาะในสัตว์หลายเซลล์ (multicellular animals) ที่ต้องกินอาหารและย่อยอาหาร เพื่อรับสารอาหารและพลังงานและขับถ่ายของเสียออกไป