ระบบลีกในประเทศญี่ปุ่นเป็นการแข่งขันในลักษณะพีระมิดเช่นเดียวกับระบบลีกฟุตบอลอื่นทั่วโลก โดยมีระบบของการเลื่อนชั้นและตกชั้นเป็นสำคัญ อย่างไรก็ตามในการเลื่อนชั้นจากเจเอฟแอลขึ้นมาในเจลีกนั้น จะมีเงื่อนไขพิเศษที่ว่าสโมสรนั้นต้องได้รับการสนับสนุนจากเมืองและทางหน่วยงานรัฐบาลของเมือง นอกเหนือจากการสนับสนุนของหน่วยงานเอกชนเพียงอย่างเดียว และในขณะเดียวกันปัจจุบันไม่มีการตกชั้นจากเจลีกไปสู่เจเอฟแอล

สองระดับบนสุดของเจลีกประกอบด้วย เจลีกดิวิชัน 1 (เจ1) และ เจลีกดิวิชัน 2 (เจ2) โดยทีมทั้งหมดในเจลีกจะต้องเป็นทีมอาชีพเท่านั้น ในระดับ 3 รองมาคือเจเอฟแอลหรือชื่อเต็มว่าเจแปนฟุตบอลลีก ซึ่งดูแลและบริหารโดยสมาคมฟุตบอลญี่ปุ่น ลีกนี้จะเป็นลีกในลักษณะกึ่งอาชีพ ประกอบด้วยทีมสมัครเล่น ทีมอาชีพ และทีมจากมหาวิทยาลัยทั่วประเทศญี่ปุ่น

ในระดับ 4 และ 5 จะประกอบด้วยลีกทั้งหมด 9 ลีกซึ่งมีระดับเดียวกันโดยแบ่งตามแต่ละภูมิภาคและเขตการปกครองทั่วประเทศญี่ปุ่น ทั้งนี้ด้วยการประหยัดค่าใช้จ่ายในการดำเนินงานและการเดินทาง โดยชื่อลีกจะใช้ชื่อเดียวกับชื่อภูมิภาค ในแต่ละลีกจะมีระบบของตัวเอง โดยบางลีกจะมีระบบย่อยลงไป และในระดับ 6 จะประกอบไปด้วย 47 ลีก ซึ่งแบ่งตามจังหวัดของญี่ปุ่น และชื่อลีกจะใช้ชื่อจังหวัดเช่นเดียวกัน เช่นเดียวกันในแต่ละลีกจะมีระบบย่อยลงไปขึ้นอยู่กับการบริหารของแต่ละลีก ระดับลีกทั้งหมดแสดงในตารางด้านล่าง