รัฐบาลกลางเบลเยียมเป็นผู้ใช้อำนาจบริหาร โดยมีนายกรัฐมนตรีเป็นผู้นำรัฐบาล โดยในแต่ละกระทรวงจะมีรัฐมนตรี (ฝรั่งเศส: ministre; ดัตช์: minister; เยอรมัน: Minister) เป็นผู้รับผิดชอบ และมีรัฐมนตรีช่วย (ฝรั่งเศส: secrétaire d'État; ดัตช์: staatssecretaris; เยอรมัน: Staatssekretär) ช่วยกำกับดูแลกิจการต่าง ๆ ในกระทรวง โดยรัฐบาลนั้นมาจากพรรคการเมืองที่เป็นพรรคร่วมรัฐบาลในสภา ในปัจจุบันไม่มีพรรคการเมืองใดพรรคการเมืองหนึ่งครองเสียงข้างมากในสภาเพียงพรรคเดียว

มาตรา 99 ของรัฐธรรมนูญเบลเยียมระบุว่า รัฐมนตรีมีจำนวนจำกัดเพียง 15 คน ซึ่งจะต้องถูกแบ่งเป็นจำนวนเท่า ๆ กันระหว่างรัฐมนตรีผู้ใช้ภาษาฝรั่งเศสกับรัฐมนตรีผู้ใช้ภาษาดัตช์ ถึงแม้ว่าตำแหน่งนายกรัฐมนตรีนั้นจะไม่ถูกนับในจำนวนนี้ แต่ไม่เคยมีนายกรัฐมนตรีที่เป็นผู้ใช้ภาษาฝรั่งเศสตั้งแต่ ค.ศ. 1979 ถึง ค.ศ. 2011 โดยรัฐมนตรีสามารถดำรงตำแหน่งเป็นรองนายกรัฐมนตรี (ส่วนใหญ่จะเป็นผู้นำพรรคการเมืองในพรรคร่วมรัฐบาล และเป็นตัวแทนสำคัญของรัฐบาลกลางในแต่ละพรรคร่วมรัฐบาล) โดยปกติในการประชุมคณะรัฐมนตรีจะมีการใช้ล่ามเสมอ

นายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีมีหน้าที่กำกับดูแล "บริการสาธารณะกลาง" (ฝรั่งเศส: Service public fédéral; ดัตช์: Federale overheidsdienst; เยอรมัน: Föderaler Öffentlicher Dienst) ซึ่งมีโครงสร้างคล้ายกับกระทรวงในการบริหารราชการแผ่นดินของประเทศอื่น ๆ

อีกหนึ่งโครงสร้างสำคัญของฝ่ายบริหารประกอบด้วยคณะรัฐมนตรีใหญ่ (ฝรั่งเศส: conseil des ministres restreint; ดัตช์: kernkabinet; เยอรมัน: Kernkabinett) ประกอบด้วยนายกรัฐมนตรีและรองนายกรัฐมนตรีซึ่งจะตัดสินใจร่วมกันในเรื่องสำคัญทางการเมือง