ธงชาติรัฐบาลทหารสหรัฐอเมริกาแห่งหมู่เกาะฟิลิปปินส์ จัดตั้งขึ้นเมื่อเมื่อวันที่ 14 สิงหาคม พ.ศ. 2441 สองวันหลังจากการยึดกรุงมะนิลาสหรัฐอเมริกาได้จัดตั้งรัฐบาลทหารขึ้นในหมู่เกาะฟิลิปปินส์โดยมีนายพล เมอร์ริตต์ ทำหน้าที่เป็นผู้ว่าการทหาร[1]ในระหว่างการปกครองของทหาร (พ.ศ. 2441-2442) ผู้บัญชาการทหารสหรัฐอเมริกาได้ควบคุมฟิลิปปินส์ภายใต้อำนาจของประธานาธิบดีสหรัฐอเมริกาในฐานะผู้บัญชาการทหารสูงสุดแห่งกองทัพสหรัฐ หลังจากได้รับการแต่งตั้งจากผู้ว่าการพลเรือนแอดนา เชฟฟี เป็นผู้ว่าราชการจังหวัดสุดท้าย ตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดถูกยุบในเดือนกรกฎาคม ปี 2445 หลังจากที่ผู้ว่าการพลเรือนทั่วไปกลายเป็นผู้มีอำนาจจัดการในหมู่เกาะฟิลิปปินส์[2]