รัฐบาลเฟลมิชรับผิดชอบงานด้านปกครองโดยแบ่งส่วนนโยบายหรือหน่วยราชการในสังกัดเป็น 11 สังกัด ดังนี้

1. การบริหารการปกครองสาธารณะและสำนักงานมุขมนตรี
2. การต่างประเทศ
3. การคลังและงบประมาณ
4. การศึกษาและการฝึกอบรม
5. เศรษฐกิจ วิทยาศาสตร์ และนวัตกรรม
6. วัฒนธรรม เยาวชน กีฬา และสื่อ
7. สวัสดิการ สาธารณสุข และครอบครัว
8. การเกษตรและการประมง
9. งานและเศรษฐกิจเพื่อสังคม
10. การขนส่งและการโยธา
11. สิ่งแวดล้อม