คณะปฏิรูปการปกครองแผ่นดินได้แต่งตั้งให้ธานินทร์ กรัยวิเชียรดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี เนื่องจากธานินทร์ กรัยวิเชียร ได้ร่วมร่างแถลงการณ์ต่างๆ ก่อนรัฐประหาร [7]โดยนายทหารในคณะปฏิรูปการปกครองได้เปลี่ยนสถานะของตัวเองเป็น สภาปฏิรูปการปกครองแผ่นดิน มีสมาชิก 340 คน ทำหน้าที่เหมือนรัฐสภาและฝ่ายนิติบัญญัติ ให้การสนับสนุนรัฐบาลธานินทร์ โดยที่คณะรัฐมนตรีธานินทร์มีรัฐมนตรี 17 คนเท่านั้น และรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหมได้แก่ พล.ร.อ.สงัด ชลออยู่ นั่นเอง ซึ่งนายธานินทร์ได้ให้สัมภาษณ์สื่อมวลชนต่อมาว่า รัฐบาลเสมือนหอยที่อยู่ในเปลือก โดยมีนัยถึงเป็นรัฐบาลที่มีคณะนายทหารคอยให้ความคุ้มกัน จึงได้รับฉายาว่า รัฐบาลหอย

รัฐบาลธานินทร์ กรัยวิเชียร ดำเนินนโยบายทางการเมืองอย่างขวาตกขอบ มีการจับกุมและทำร้ายผู้ที่สงสัยว่าอาจกระทำการเป็นคอมมิวนิสต์อย่างรุนแรงโดยอาศัยรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พ.ศ. 2519 มาตรา ๒๑ จึงทำให้นายกรัฐมนตรีมีอำนาจสูงสุด

แต่ทว่า การดำเนินงานของรัฐบาลธานินทร์ กรัยวิเชียร ประสบกับปัญหาตลอด ทั้งเหตุการณ์การก่อการร้ายโดยคอมมิวนิสต์ และปัญหาภายในรัฐบาลเอง เช่น การร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่เป็นไปด้วยความล่าช้าอีกทั้งบทเฉพาะกาลของรัฐธรรมนูญที่ออกมามีแผนพัฒนาประชาธิปไตยนานถึง 3 ขั้น กินเวลา 12 ปี ไม่ทันการกับสถานการณ์ปัจจุบัน หรือ การเกิดเหตุการณ์กบฏ 26 มีนาคม 2520 โดย พลเอก ฉลาด หิรัญศิริ การปราบปรามผู้ที่รัฐบาลเห็นว่าเป็นคอมมิวนิสต์อย่างเข้มข้น จนหลายครั้งปราศจากการตรวจสอบ ส่งผลให้มีนักศึกษาและปัญญาชนจำนวนมากที่มีความคิดทางการเมืองแตกต่างจากรัฐบาลต้องหลบหนีเข้าป่าเข้าร่วมกับพรรคคอมมิวนิสต์แห่งประเทศไทย (พคท.) สถานการณ์ของประเทศเกิดความแตกแยกอย่างรุนแรง ในที่สุดคณะนายทหารในสภาปฏิรูปการปกครองแผ่นดินชุดเดิมที่นำโดย พล.ร.อ.สงัด ชลออยู่ จึงได้ยึดอำนาจการปกครองประเทศอีกครั้งในวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2520 และแต่งตั้ง พล.อ.เกรียงศักดิ์ ชมะนันท์ ขึ้นเป็นนายกรัฐมนตรีแทน สถานการณ์ต่าง ๆ จึงเริ่มคลี่คลาย เมื่อรัฐบาลพล.อ.เกรียงศักดิ์ ชมะนันท์ ได้ออกกฎหมายนิรโทษกรรม กลุ่มนักศึกษาปัญญาชนที่หลบหนีเข้าป่า จึงเริ่มทยอยกลับคืนสู่เมืองอีกครั้ง