ก่อนศตวรรษที่ 18 ประชากรในสิกขิมส่วนใหญ่เป็นชาวเลปชา ซึ่งอพยพมาจากทิเบตในศตวรรษที่ 8 ชาวเผ่ารุ่นแรก ๆ จะเป็นชนเผ่านัมกยาลสืบเชื้อสายจากชาวมินยักในทิเบต ในปี พ.ศ. 1811 (ค.ศ. 1268) เจ้าชายแห่งนัมกยาล นามว่า คเย บุมซา ได้เสด็จไปช่วยสร้างวัดนิกายศักยะขึ้นในทิเบต และทรงผูกมิตรกับชาวเลปชา นามว่าเตกงเท็ก เมื่อเตกงเท็กเสียชีวิต ชาวเลปชาจึงได้ยกคุรุตาชี โอรสองค์ที่ 4 ขึ้นเป็นช็อกยัล (กษัตริย์)ในปี พ.ศ. 2185 (ค.ศ. 1642) จนถึงในปี พ.ศ. 2243 (ค.ศ. 1700) ภูฏานได้รุกรานสิกขิม ช็อกยัลจึงได้เสด็จลี้ภัยไป และได้สร้างวัดขึ้นที่เปมารยังเซ และตาชีดิง ทรงคิดประดิษฐ์อักษรเลปชาขึ้น ก่อนที่จะถูกลอบปลงพระชนม์ ในปี พ.ศ. 2260 (ค.ศ. 1717) โดยตามคำบัญชาของเจ้าหญิงเปย์ วอมกโม ผู้ภักดีต่อภูฏาน

ในต้นศตวรรษที่ 19 บริษัทอีสต์อินเดีย ได้เข้ามาบุกเบิกเทือกเขาหิมาลัยเพื่อเป็นทางผ่านเพื่อทำการค้ากับทิเบต ในปี พ.ศ. 2357 (ค.ศ. 1814) อังกฤษทำสงครามกับเนปาล สิกขิมได้ช่วยอังกฤษ เพื่อเป็นการตอบแทน อังกฤษจึงยกเขตเตรายของเนปาลเป็นการตอบแทนในปี พ.ศ. 2359 (ค.ศ. 1816) ต่อมาพระเจ้าซุกฟุด นัมกยัลก็ทรงมอบเขาดาร์จีลิงให้อังกฤษทำรีสอร์ตเพื่อแสดงไมตรี แต่ไม่นานความสัมพันธ์เริ่มเกิดปัญหาเมื่ออังกฤษยึดเขตเตรายคืน และตั้งตนเป็นผู้อารักขาอาณาจักรแห่งนี้ นับจากศตวรรษที่ 18 นี้ ได้มีชาวเนปาลจำนวนมากอพยพเข้าอาณาจักรนี้จนเป็นประชากรส่วนใหญ่ร้อยละ 75

หลังได้รับเอกราช รัฐบาลอินเดียได้ทำข้อตกลงกับช็อกยัลว่า สิกขิมจะรวมกับอินเดียในระดับหนึ่งเท่านั้น ครั้นปี พ.ศ. 2518 (ค.ศ. 1975) รัฐสภาสิกขิมได้ออกเสียงให้สิกขิมรวมอยู่กับอินเดีย สถาบันกษัตริย์จึงถูกยกเลิก ปัจจุบันสิกขิมจึงมีสถานะเพียงรัฐ ๆ หนึ่งของอินเดีย