ใน พ.ศ. 2422 สุลต่านบัดร์ อัลอลาม ชารีฟ อาซิม ญามาล อัดดิมขึ้นครองบัลลังก์ ซึ่งเป็นสุลต่านชายคนแรกในรอบ 60 ปี จากนั้น เป็นการปกครองโดยผู้ปกครองหลายองค์ในช่วงสั้นๆ จนใน พ.ศ. 2270 สมาชิกจากราชวงศ์บูกิส สุลต่านอลาอัดดิน อะห์หมัด ชาห์ ขึ้นครองอำนาจ สุลต่านได้ได้อนุญาตให้โกห์ ลายฮวน กัปตันชาวจีนจากปีนัง นำพริกไทยจากอาเจะฮ์ไปปลูกที่ปีนัง ต่อมาใน พ.ศ. 2362 โกห์ได้ช่วยสุลต่านปราบปรามผู้ปกครองท้องถิ่นในอาเจะฮ์[7]

ในช่วง พ.ศ. 2463 อาเจะฮ์ผลิตพริกไทยได้ครึ่งหนึ่งของผลผลิตในโลก ตนกู อิบราฮิมได้ฟื้นฟูอำนาจของสุลต่านและเข้าควบคุมรายาพริกไทยที่ต้องส่งบรรณาการให้สุลต่าน และมีอำนาจในช่วงที่พี่ชายของเขา มูฮัมหมัด ชาห์ เป็นสุลต่าน และในรัชกาลต่อมาคือสุไลมาน ชาห์ ก่อนจะขึ้นเป็นสุลต่านองค์ต่อมาคือ สุลต่าน อาลี อลาอุดดิน มันซูร์ ชาห์ เขาขยายเขตควบคุมของอาเจะฮ์ลงไปทางใต้ ในเวลาเดียวกันที่เนเธอร์แลนด์ขยายอำนาจขึ้นเหนือ

สหราชอาณาจักรที่ได้รับรองเอกราชของอาเจะฮ์เพื่อปกป้องให้พ้นจากการยึดครองของเนเธอร์แลนด์ ได้ทบทวนนโยบายของตนใหม่ และได้ลงนามในสนธิสัญญาสหราชอาณาจักร-เนเธอร์แลนด์เกี่ยวกับสุมาตรา ยอมให้เนเธอร์แลนด์ควบคุมเกาะสุมาตราทั้งหมด แลกเปลี่ยนกับการผนวกโกลด์โคสต์และสิทธิทางการค้าที่เท่าเทียมกันในอาเจะฮ์ สนธิสัญญานี้นำไปสู่สงครามอาเจะฮ์ใน พ.ศ. 2416 เมื่ออาเจะฮ์ลงนามในสนธิสัญญาทางการค้ากับสหรัฐ เมื่อเนเธอร์แลนด์เตรียมตัวทำสงครามนั้น มะห์มุด ชาห์ได้ขอความช่วยเหลือจากนานาชาติแต่ไม่สำเร็จ

สุลต่านได้ออกจากเมืองหลวงเมื่อพระราชวังถูกยึดเมื่อ 31 มกราคม พ.ศ. 2416 ออกไปสู่เขตเทือกเขา เนเธอร์แลนด์ได้ประกาศผนวกอาเจะฮ์ สุลต่านเสียชีวิตลงด้วยอหิวาตกโรค ชาวอาเจะฮ์ได้ยกหลานของสุลต่านตนกูอิบราฮิมขึ้นมาเป็นผู้นำ ผู้นำท้องถิ่นแม้จะยอมรับอำนาจของเนเธอร์แลนด์แต่ก็ให้ความช่วยเหลือฝ่ายต่อต้านด้วย ในเวลานั้น นักการเมืองอาเจะฮ์ขอความช่วยเหลือจากอาณาจักรออตโตมันแต่ไม่สำเร็จ ตำแหน่งผู้นำในการต่อต้านเปลี่ยนมือไปสู่เจ้าของที่ดินและเป็นผู้นำทางศาสนาในที่สุด ที่ปรึกษาของสุลต่านอับด์ อัรเราะห์มาน อัลซาอีร์กลับมามีอำนาจควบคุมขบวนการเรียกร้องเอกราช แต่สุดท้ายก็ยอมมอบตัวต่อเนเธอร์แลนด์แลกเปลี่ยนกับการไปอยู่ที่เมกกะ

เนเธอร์แลนด์ขยายอิทธิพลจากเขตชายฝั่งเพื่อควบคุมพื้นที่ทั้งหมด สร้างทางรถไฟเชื่อมถึงเมืองหลวง ทำให้ประเทศสงบลงได้ใน พ.ศ. 2427 กระบวนการทางสันติภาพเชื่องช้าลงหลังจากนั้น แต่ก็ก้าวหน้าอีกครั้งระหว่าง พ.ศ. 2441–2446 ซึ่งเจ้าของที่ดินได้เซ็นสัญญาสงบศึกกับเนเธอร์แลนด์ เนเธอร์แลนด์สามารถจัดตั้งรัฐบาลในอาเจะฮ์ได้ และทำให้สุลต่านยอมมอบตัวใน พ.ศ. 2446 และได้ลี้ภัยใน พ.ศ. 2450 โดยไม่ได้ระบุนามรัชทายาท แต่ฝ่ายต่อต้านก็ยังสู้รบต่อจนถึง พ.ศ. 2455[8][7]