แต่เดิมอรุณาจัลประเทศเป็นส่วนหนึ่งของดินแดนอัสสัม เมื่อชาวไทใหญ่จากรัฐชานเข้ามารุกรานดินแดนลุ่มแม่น้ำพรหมบุตรจากทางเหนือ ดินแดนเดิมในบริเวณนี้จากตะวันออกไปตะวันตกได้แก่ อาณาจักรจุติยะ เป็นของชาวเขาผสมไทใหญ่ อาณาจักรกจารี อาณาจักรภุยยา และอาณาจักรกามรูปซึ่งเป็นอาณาจักรขนาดใหญ่ มีอาณาเขตไปถึงเบงกอลตะวันออก ชาวไทอาหมซึ่งเป็นชาวไทใหญ่กลุ่มหนึ่งสามารถเอาชนะอาณาจักรเหล่านี้ได้ และสร้างงอาณาจักรอัสสัมขึ้น

ในพุทธศตวรรษที่ 21-22 ราชวงศ์โมกุลเข้ามาปกครองเบงกอลและแผ่อำนาจเข้าปกครองแคว้นอัสสัม ราชวงศ์โมกุลรบกับชาวไทอาหมอยู่นานจนยอมแพ้ไปเมื่อพ.ศ. 2225 ต่อมา ใน พ.ศ. 2360 พม่าเข้ามายึดครองบริเวณแม่น้ำพรหมบุตรได้ ในช่วงนี้ไทอาหมอ่อนแอลง ชาวไทอาหมขอให้อังกฤษช่วยเหลือ อังกฤษจึงขับไล่พม่าออกไป ต่อมา อังกฤษได้ปกครองอัสสัมตามสนธิสัญญายันดาโบ ซึ่งรวมดินแดนของรัฐอรุณาจัลประเทศในปัจจุบันไว้ด้วย และเป็นส่วนหนึ่งของบริติชอินเดียจนได้รับเอกราชจากอังกฤษ

เมื่ออินเดียเกิดข้อพิพาทเรื่องเขตแดนกับจีน รัฐบาลอินเดียได้แยกดินแดนของรัฐอัสสัมส่วนหนึ่งมาตั้งเป็นเขตแนวชายแดนตะวันออกเฉียงเหนือ ต่อมาในเดือนมกราคม พ.ศ. 2515 ได้ประกาศให้เขตแนวชายแดนตะวันออกเฉียงเหนือเป็นดินแดนในสหภาพของอินเดียเรียกอรุณาจัลประเทศ และยกสถานะเป็นรัฐเมื่อ 20 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2530