เกาะอาเงาร์ถูกค้นพบครั้งแรกโดยรุย โลเปซ เด บียาโลบอส (สเปน: Ruy López de Villalobos) นักสำรวจชาวสเปนช่วงปลายเดือนมกราคม ค.ศ. 1543 เขาได้วาดภาพเกาะดังกล่าวพร้อม ๆ กับบาเบลดาออบ, คอรอร์ และเปเลลีอู แล้วตั้งชื่อเป็นภาษาสเปนว่า "โลสอาร์เรซิเฟส" (Los Arrecifes) แปลว่าหินโสโครก[4] ในเดือนพฤศจิกายนถึงธันวาคม ค.ศ. 1710 มีมิชชันนารีจากเรือซันตีซีมาตรีนีดัด (Santísima Trinidad) ของฟรันซิสโก ปาดียา (Francisco Padilla) เข้ามาเผยแผ่ศาสนา และอีกสองปีต่อมากองทัพเรือสเปนนำโดยเบร์นาโด เด เอโกย (Bernardo de Egoy) เข้ามาสำรวจเกาะอาเงาร์[5]

ตั้งแต่ ค.ศ. 1909 จนถึง ค.ศ. 1954 มีการทำเหมืองฟอสเฟตบนเกาะ แต่เดิมมีเยอรมนีเป็นผู้บุกเบิกการทำเหมือง ต่อมาได้ตกเป็นของญี่ปุ่น และสหรัฐตามลำดับ ถือเป็นสถานที่สำคัญแห่งหนึ่งช่วงสงครามโลกครั้งที่สอง มีการสู้รบครั้งใหญ่เกิดขึ้นบนเกาะเรียกว่าสงครามอาเงาร์อันเป็นส่วนหนึ่งของยุทธการหมู่เกาะนอร์เทิร์นมาเรียนาและปาเลา การสู้รบเกิดช่วงเดือนมิถุนายนถึงพฤศจิกายน ค.ศ. 1944 มีทหารสหรัฐและญี่ปุ่นล้มตายเป็นจำนวนมาก[6]

อาเงาร์เป็นเกาะเดียวในหมู่เกาะไมโครนีเซียที่มีลิงป่าอาศัยอยู่ พวกมันสืบเชื้อสายจากลิงแม็กแคกที่หนีจากผู้เลี้ยงชาวตะวันตกยุคที่ปาเลาตกเป็นอาณานิคมของเยอรมนี[7] เกาะนึ้จึงมีสมญาว่า "เกาะลิง"