เนื้อหาของรัตนสูตรโดยหลัก เป็นการกล่าวถึง คุณแห่งพระรัตนตรัยคือ พระพุทธ พระธรรม และพระสงฆ์ โดยเฉพาะในส่วนของการประกาศคุณของพระสงฆ์นั้นมีจำนวนคาถามากกว่าเนื้อหาเรื่องอื่นๆ โดยคร่าวๆ แล้ว สามารถแบ่งเนื้อหาของรัตนสูตรออกเป็น 3 ส่วน ส่วนแรก เป็นการประกาศให้ เหล่าภูตคุ้มครองรักษาพวกมนุษย์ ที่นำเครื่องพลีกรรมมาบวงสรวงทั้งในเวลากลางวัน และกลางคืน ซึ่งพลีกรรมนี้หมายถึงการทำบุญตามหลักพุทธศาสนานั่นเอง

ส่วนที่ 2 เป็นการบรรยายคุณพระรัตนตรัย ว่าเป็นรัตนะอันประเสริฐสุด โดยเฉพาะในส่วนที่เกี่ยวข้องการคุณของพระสงฆ์ หรือพระอริยะเจ้านั้น มีการบรรยายคุณของท่านอย่างละเอียดว่า เป็นผู้ประกอบด้วยศีลเป็นอันดี มีใจมั่นคง ไม่มีกามกิเลส เป็นผู้ไม่มีความห่วงใย ไม่มีความหวั่นไหวด้วยโลกธรรม และมีพระนิพพานอันเป็นอมตะเป็นที่สุด ด้วยคุณของพระสงฆ์ดังที่พระคาถาพรรณนามานี้ ถือเป็นสัจจะอันยิ่งใหญ่ ยังซึ่งความสวัสดีมีชัยแก่ผู้ประกาศ หรือสาธยายคุณของท่าน

ทั้งนี้ รัตนสูตรยังให้น้ำหนักกับการพรรณนาคุณลักษณะของพระโสดาบันเป็นพิเศษ ไม่ว่าจะเป็นการระบุว่า พระโสดาบันจะไม่ถือเอาภพที่แปด คือ เกิดอย่างมากอีกเพียงเจ็ดครั้ง และยังสามารถละสังโยชน์ 3 ประการคือ สักกายทิฐิ วิจิกิจฉา และสีลัพพตปรามาส ทำให้พระอริยะเจ้าชั้นนี้ คือพระโสดาบัน พ้นแล้วจากการตกลงสู่อบายภูมิ และจะไม่อาจทำอภิฐาน 6 คือ อนันตริยกรรม 5 ประการ รวมถึงการเปลี่ยนใจไปนับถือศาสนาอื่น อันมิใช่สัมมาทิฏฐิอีกต่อไป อย่างไรก็ตาม พระโสดาบันยังอาจทำกรรมชั่วด้วยกาย วาจา หรือใจ อยู่บ้าง แต่ก็ไม่อาจปิดบังกรรมชั่วที่กระทำไว้นั้น เพราะการที่บุคคลผู้เห็นทางพระนิพพานแล้ว จะปิดบังกรรมชั่วของตนไว้นั้นพระตถาคต กล่าวว่า ไม่อาจปิดบังได้

ส่วนที่ 3 เป็นการประกาศให้ภูตทั้งหลายจงนมัสการพระพุทธ พระธรรม และพระสงฆ์ และอำนวยพรให้สรรพสัตว์เหล่านี้มีความสวัสดี