รากบุญ 2 รอยรัก แรงมาร เกิดขึ้นหลังจากที่ พิสัย (โก โกสินทร์) น้าชายของ ลาภิณ (ไมค์ พิรัชต์) ถูกใครบางคนฆ่าตายวิญญาณของพิสัยจึงมาขอร้องให้ เจติยา (มาร์กี้ ราศรี) นักแต่งหน้าศพประจำนิราลัยและเป็นภรรยาของลาภิณช่วยสืบหาความจริงว่าใครเป็นคนฆ่า

จากนั้นลาภิณและเจติยาก็ได้เข้าไปพัวพันกับศัตรูที่น่ากลัวยิ่งกว่าพิสัยและ ปราณ (กิก ดนัย) เสียอีกคือ พิมพ์อร (วุ้นเส้น วิริฒิพา) ลูกสาวของ วนันต์ (กบ ทรงสิทธิ์) เจ้าของบริษัทเอ็ตต้าเพื่อนรักของ สารัช (สมมาตร ไพรหิรัญ) พ่อของลาภิณที่ต้องการรวบรวมเหรียญทั้งสามเพื่อสร้างกล่องรากบุญและขอพรให้วนันต์หายป่วยและ กสิณ (นำผึ้ง ณัฐริกา) ปีศาจจากเหรียญรากบุญ

โดยที่ลาภิณและเจติยาไม่รู้เลยว่านอกจากเจติยาและพิมพ์อรแล้วยังมี อยุทธ์ (แพทริค นิพัธ) น้องชายของพิมพ์อรที่เป็นเจ้าของเหรียญอีกคนพิมพ์อรจึงทำทุกวิถีทางเพื่อให้ได้ครอบครองเหรียญทั้งสามรวมถึงการใช้ให้กสิณไปฆ่า สิทธิพร (บอล วิทวัส) เพื่อนรักของลาภิณและศัตรูทางธุรกิจของพิมพ์อรแล้วใส่ความลาภิณเพื่อบีบบังคับให้เจติยายกเหรียญให้

โดยเป็นผลมาจากชาติที่แล้วที่พิมพ์อรซึ่งเกิดเป็น อุษา ได้ฆ่า เจนจิรา น้องสาวต่างแม่หรือเจติยาในชาติปัจจุบันเนื่องจากอุษาคิดว่าเจนจิราได้แย่ง คุณภพ หรือลาภิณไป

ทั้งลาภิณ เจติยาและอยุทธ์ได้พยายามหาทางทำลายเหรียญและพาพิมพ์อรให้หลุดพ้นจากการครอบงำของกสิณโดยมี ชาคร (ต๊ะ วริษฐ์) ผู้ช่วยของวนันต์คอยช่วยเหลือสุดท้ายแล้วบทสรุปจะจบลงอย่างไร