การตัดสินรางวัลพานแว่นฟ้า ครั้งที่ 4 ประจำปี พ.ศ. 2548 เกิดปัญหาเนื่องจากนางลลิตา ฤกษ์สำราญ รองประธานสภาผู้แทนราษฎร พรรคไทยรักไทย ในฐานะประธานจัดประกวด มีความเห็นส่วนตัวว่าวรรณกรรมที่ได้รับการตัดสินให้รับรางวัล ทั้งประเภทเรื่องสั้น ที่มี นายปองพล อดิเรกสาร และบทกวี ที่มี นายเนาวรัตน์ พงษ์ไพบูลย์ เป็นประธาน มีเนื้อหาของตัวละครในเรื่อง ตีแผ่พฤติกรรมคอรัปชั่นของรัฐมนตรี (เรื่องสมมุติ) และพลิกมติให้เรื่องสั้น 2 เรื่องที่ควรจะได้รับรางวัลชนะเลิศและรองชนะเลิศให้ตกไป และไม่ได้รางวัลใดๆ เรื่องสั้น 2 เรื่องดังกล่าวคือ พญาอินทรี ของ จรัญ ยั่งยืน และ กรณีฆาตกรรมโต๊ะอิหม่ามสะตอปา การ์เด ของ 'อาลี โต๊ะอิลชา' หรือ ศิริวร แก้วกาญจน์[2] โดยให้เหตุผลเรื่องสถานการณ์ทางการเมืองในขณะนั้น การตัดสินดังกล่าวได้รับการต่อต้านจากคณะกรรมการประกวด รวมทั้งเสียงต่อต้านจากบุคคลในวงการวรรณกรรม นับเป็นเรื่องประหลาดที่คณะกรรมการไม่รับรองผลการตัดสินของกรรมการเสียงข้างมาก ทั้งที่การประกวดวรรณกรรมการเมือง เพื่อส่งเสริมประชาธิปไตย แต่ตัวประธานไม่เป็นประชาธิปไตย และนำการเมืองไปแทรกแซงวงการวรรณกรรม รอยด่างครั้งนี้ ทำให้รางวัลพานแว่นฟ้าซบเซาไปในระยะหนึ่ง

เมื่อปี พ.ศ. 2549 ศิริวร แก้วกาญจน์ ส่งเรื่องสั้น 'กรณีฆาตกรรมโต๊ะอิหม่ามสะตอปา การ์เด' และบทกวี 'การปะทะของแสงและเงา' เข้าประกวดรางวัลพานแว่นฟ้า ปรากฏว่าเกิดกรณีตัดสิทธิผลงานด้วยเหตุผลทางการเมือง ซึ่งต่อมา ศิริวร ได้ขยาย 'กรณีฆาตกรรมโต๊ะอิหม่ามสะตอปา การ์เด' ให้เป็นนวนิยาย ปรากฏว่าด้วยความโดดเด่นของเนื้อหา และกลวิธีการเล่า ทำให้นวนิยายเรื่องนี้เข้ารอบสุดท้ายของรางวัลซีไรต์ ปี พ.ศ. 2549 ปีต่อมา เขาส่งบทกวีสองบท ได้แก่ 'จดหมายของแม่' และ 'เพลงละเมอของเด็กชายและเพลงกล่อมของแม่' เข้าประกวดรางวัลพานแว่นฟ้าอีกครั้ง ในนามของ 'ปัณณ์ เลิศธนกุล' และ 'อันวาร์ หะซัน' ตามลำดับ ปรากฏว่าบทกวีทั้งสองได้รับรางวัลชนะเลิศและรองชนะเลิศ ตามลำดับ โดยคณะกรรมการไม่รู้ว่า บทกวีสองชิ้นนี้เป็นผลงานของ ศิริวร เพราะเขาใช้นามปากกาที่ต่างกันในการส่งเข้าประกวด การกระทำดังกล่าวเป็นการกระทำที่ผิดกติกาของการประกวด เขาจึงไม่แสดงตัวในวันรับรางวัล ความลับดังกล่าวถูกปิดเงียบ จนเมื่อปี พ.ศ. 2551 ศิริวร ได้พิมพ์รวมบทกวีชุดใหม่ชื่อ 'ฉันอยากร้องเพลงสักเพลง' โดยมีบทกวีที่ได้รับรางวัลทั้งสองชิ้นรวมอยู่ด้วย พร้อมเขียนหมายเหตุพาดพิงถึงรางวัลพานแว่นฟ้าไว้ด้วย ศิริวร จงใจพิสูจน์บางอย่าง และการจงใจนี้นำไปสู่การฝ่าฝืนกฎ แต่น่าแปลกที่กลับไม่เกิดปฏิกิริยาใดๆ ในแวดวงวรรณกรรมเลย [3] นับเป็นรอยด่างอีกครั้งที่กรรมการตัดสินรางวัลถูกท้าทาย

เมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2552 นายวัฒน์ วรรลยางกูร นักเขียนรางวัลศรีบูรพา ได้แถลงข่าวเรียกร้องเสรีภาพในการเขียนและวิพากษ์วิจารณ์ให้กับกลุ่มนักเขียนศิลปินประชาธิปไตย โดยขอให้ผู้มีอำนาจในบ้านเมืองยอมรับความในคิดเห็นที่แตกต่าง สร้างความเสมอภาคและเสรีภาพในการพูดความจริง และต่อมาได้ประกาศลาออกจากการเป็นกรรมการตัดสินรางวัลพานแว่นฟ้า [4] นับเป็นรอยด่างอีกครั้งที่กรรมการรางวัลพานแว่นฟ้ายังอยู่ภายใต้วังวนการเมืองเลือกข้าง

ในปี 2556 เป็นปีที่การประกวดรางวัลพานแว่นฟ้า มีเรื่องอื้อฉาวอีกครั้ง เมื่อกรรมการจำนวน 14 คน ที่นำโดยนายเจน สงสมพันธุ์ นายกสมาคมนักเขียนแห่งประเทศไทย ประกาศถอนตัวจากการเป็นกรรมการตัดสิน เนื่องมาจากมีความเห็นไม่ลงรอยกับกรรมการใหม่ที่มาจากสายคนเสื้อแดง ที่นำโดยนายรวี สิริอิสสระนันท์ หรือ วาด รวี ที่เสนอแนวทางการปรับโครงสร้างและเงื่อนไขในการประกวดเรื่องสั้นและบทกวีหลายประการ แม้กระนั้น การประกวดก็ดำเนินการต่อไป จนในที่สุด มีการตัดสินให้บทกวีเรื่อง เบี้ย ของ อรุณรุ่ง สัตย์สวี ได้รับรางวัลพานแว่นฟ้าแห่งรัฐสภาไทยยอดเยี่ยม ได้รับโล่เกียรติยศ พร้อมเข็มและเกียรติบัตร ของประธานรัฐสภา และเงินรางวัล 1 แสนบาท ทั้งที่ตามกติการะบุว่าบทกวีต้องมีขนาดความยาว 6 - 12 บท แต่บทกวีเรื่อง เบี้ย มีความยาว 14 บทครึ่ง ซึ่งผิดหลักเกณฑ์ที่ได้ประกาศไปแล้ว แต่กรรมการได้ชี้แจงว่าบทกวีดังกล่าวสมควรได้รับรางวัลชนะเลิศ เพราะคุณค่าของบทกวีย่อมไม่ถูกกดกักไว้ด้วยแบบแผนใดๆ ทั้งสิ้น ทำให้เป็นที่วิพากษ์วิจารณ์ถึงความไม่เหมาะสมของคณะกรรมการรางวัลพานแว่นฟ้า ภายหลังเหตุการณ์ดังกล่าว วาด ระวี ได้แสดงความรับผิดชอบต่อความไม่เป็นธรรมที่เกิดขึ้น โดยประกาศลาออกจากคณะกรรมการวรรณกรรมแห่งรัฐสภา และจะไม่เป็นกรรมการตัดสินวรรณกรรมใดๆ อีกตลอดชั่วชีวิต [5]

ปี 2557 มีการยกเลิกการประกวดกลางคัน[6] โดยอ้างความเหมาะสมกับสภาพสถานการณ์ทางการเมือง เนื่องจากมีการรัฐประหาร

ปี 2558 สำนักเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎรกลับมาจัดการประกวดอีกครั้ง โดยให้งดวรรณกรรมการเมือง แต่จัดประกวดวรรณกรรมรางวัลพานแว่นฟ้าเฉลิมพระเกียรติ เนื่องในโอกาสครบ 120 ปี แห่งวันพระบรมราชสมภพ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาประชาธิปกฯ พระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยจัดประกวดวรรณกรรมประเภท กวีนิพนธ์ และสารคดี เท่านั้น และเนื่องจากเป็นวรรณกรรมเฉลิมพระเกียรติ จึงต้องคำนึงถึงความถูกต้องของพระราชประวัติเป็นสิ่งสำคัญอันดับแรก รวมถึงความถูกต้องของฉันทลักษณ์ ทำให้คณะกรรมการตัดสินรางวัลต้องตรวจสอบความถูกผิดของผลงานทุกชิ้นอย่างถี่ถ้วน [7] ทำให้มีผู้ตั้งข้อสังเกตว่า เหตุที่มีผู้ส่งผลงานเข้าร่วมประกวดน้อยอาจเนื่องจากความพิเศษของหัวข้อรางวัลดังกล่าว