จากประกาศคณะกรรมาธิการการศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม ว่าด้วยหลักเกณฑ์การคัดเลือกบุคคลเข้ารับรางวัลพุทธคุณูปการ พ.ศ. 2552 คณะกรรมาธิการการศาสนา ศิลปะและวัฒนธรรม สภาผู้แทนราษฏร ได้แบ่งประเภทการคัดเลือกออกเป็น 3 ระดับ คือ

1. รางวัลวัชรเกียรติคุณ มอบเป็นรางวัลแก่พระภิกษุ บุคคลหรือองค์กรผู้ซึ่งสร้างคุณูปการต่อพระพุทธศาสนาเป็นอย่างยิ่ง
2. รางวัลกาญจนเกียรติคุณ มอบเป็นรางวัลแก่พระภิกษุ บุคคลหรือองค์กรผู้ซึ่งมีผลงานด้านการทำนุบำรุงและส่งเสริมพระพุทธศาสนาอย่างโดดเด่น
3. รางวัลรัชตเกียรติคุณ มอบเป็นรางวัลแก่พระภิกษุ บุคคลหรือองค์กรผู้ซึ่งมีผลงานด้านการทำนุบำรุงและส่งเสริมพระพุทธศาสนาเป็นที่ประจักษ์

นอกจากนี้ ยังมีการมอบใบประกาศเกียรติคุณพุทธคุณูปการแก่พระเถรานุเถระผู้ดำรงตำแหน่งสังฆาธิการสำคัญ ๆ ด้วย ซึ่งไม่นับเข้าในระดับรางวัลดังกล่าวข้างต้น แต่เป็นการมอบถวายเพื่อเป็นการยกย่องและแสดงความกตัญญูในฐานะผู้ปฏิบัติหน้าที่ปกครองในทางคณะสงฆ์และธำรงไว้ซึ่งสถาบันพระพุทธศาสนา