เมื่อเริ่มแรก ราชสมาคมฯ เป็นกลุ่มนักวิทยาศาสตร์ประมาณ 12 คน รู้จักในชื่อ วิทยาลัยอินวิซิเบิล (วิทยาลัยที่มองไม่เห็น) โดยพบปะกันตามสถานที่ต่างๆ รวมถึงบ้านของบรรดาสมาชิกและวิทยาลัยเกรแชม สมาชิกยุคแรกๆ ได้แก่ จอห์น วิลกินส์, โจนาทาน ก็อดเดิร์ด, โรเบิร์ต ฮุก, คริสโตเฟอร์ เรน, วิลเลียม เพตตี, และ โรเบิร์ต บอยล์ โดยมาอภิปรายกันเกี่ยวกับ "วิทยาศาสตร์สมัยใหม่" ซึ่งฟรานซิส เบคอน พยายามส่งเสริมในงานเขียน New Atlantis ของเขาตั้งแต่ราว ค.ศ. 1645 เป็นต้นมา[3] ในช่วงแรกไม่มีกฎระเบียบอะไร เป้าหมายมีเพียงการรวมกลุ่มกัน ดูผลการทดลอง และแลกเปลี่ยนสิ่งที่แต่ละคนค้นพบ[4] กลุ่มมีการแปรเปลี่ยนมาตลอด ในที่สุดก็แยกออกเป็นสองกลุ่มใหญ่ๆ ในช่วง ค.ศ. 1638 คือกลุ่มสมาคมลอนดอน กับสมาคมออกซฟอร์ด เนื่องมาจากปัญหาในการเดินทาง กลุ่มออกซฟอร์ดนั้นกระตือรือร้นกว่าเพราะสมาชิกส่วนใหญ่ของวิทยาลัยพำนักอยู่ที่นั่น ต่อมาจึงก่อตั้งเป็น สมาคมปรัชญาแห่งออกซฟอร์ด (The Philosophical Society of Oxford) ดำเนินการภายใต้กฎเกณฑ์จำนวนหนึ่งซึ่งยังคงดำรงอยู่โดยห้องสมุด Bodleian[5]