พระนโรดม สีหนุได้ประกาศนโยบายเป็นกลางตั้งแต่ก่อนได้รับเอกราชเมื่อได้รับเอกราชแล้วได้ลาออกจากสหภาพฝรั่งเศส ปฏิเสธการต่อต้านคอมมิวนิสต์ตามนโยบายของสหรัฐแต่ก็รับความช่วยเหลือจากสหรัฐ กัมพูชาพยายามเป็นมิตรกับทุกฝ่ายและแสวงหาพันธมิตรจากประเทศกำลังพัฒนาด้วยกัน พร้อมกันนั้น กัมพูชาได้เปิดความสัมพันธ์ทางการทูตกับประเทศคอมมิวนิสต์ เช่น สหภาพโซเวียตและจีนด้วย ในวันที่ 6 พฤศจิกายน พ.ศ. 2500 รัฐสภากัมพูชาได้ผ่านพระราชบัญญัติว่าด้วยความเป็นกลาง

กัมพูชา-สหรัฐอเมริกา

ความสัมพันธ์ระหว่างกัมพูชากับสหรัฐไม่ได้ราบรื่นมากนักเพราะกัมพูชารู้สึกว่าสหรัฐให้ความช่วยเหลือไทยกับเวียดนามใต้ที่เป็นศัตรูของกัมพูชามกกว่า ใน พ.ศ. 2506 สีหนุได้ประกาศไม่ยอมรับความช่วยเหลือจากสหรัฐ โดยกล่าวว่า สหรัฐให้การสนับสนุนเขมรเสรีที่เป็นปฏิปักษ์ต่อรัฐบาล กัมพูชาเรียกร้องให้สหรัฐรับรองความเป็นกลางของกัมพูชา ชดเชยความเสียหายที่เกิดจากการโจมตีของสหรัฐและเวียดนามใต้ จากนั้น ความสัมพันธ์ระหว่างกัมพูชากับสหรัฐเกิดความตึงเครียดจนเกิดการปฏิวัติ พ.ศ. 2513

กัมพูชา-สหภาพโซเวียต

กัมพูชาสถาปนาความสัมพันธ์กับสหภาพโซเวียตและรับความช่วยเหลือทางด้านเทคโนโลยีตั้งแต่ พ.ศ. 2500 อย่างไรก็ตาม หลังจาก พ.ศ. 2506 เมื่อจีนขัดแย้งกับสหภาพโซเวียต และกัมพูชาเลือกเข้าข้างจีน ทำให้ความสัมพันธ์กับสหภาพโซเวียตตึงเครียด ใน พ.ศ. 2508 กัมพูชาวิจารณ์โซเวียตเรื่องนโยบายในเวียดนาม ทำให้โซเวียตไม่พอใจมาก แต่ในช่วงปลายปีนั้น โซเวียตได้พยายามปรับความสัมพันธ์ให้เข้าสู่ระดับปกติ จนสิ้นสุดสมัยของพระนโรดม สีหนุ

กัมพูชา-จีน

จีนและกัมพูชาสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตอย่างเป็นทางการใน พ.ศ. 2501 และมีความแน่นแฟ้นเป็นพิเศษ จุดที่ทำให้เกิดการกระทบกระทั่งระหว่างกัมพูชากับจีนมีเพียงเรื่องชาวจีนในกัมพูชา ซึ่งกัมพูชาระแวงว่าจะนำลัทธิคอมมิวนิสต์มาเผยแพร่ในกัมพูชา เมื่อวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2510 พระนโรดม สีหนุสั่งยุบสมาคมมิตรภาพกัมพูชา-จีน ทำให้จีนไม่พอใจ ความสัมพันธ์ของทั้งสองประเทศได้ฟื้นฟูขึ้นอีกครั้งใน พ.ศ. 2512

กัมพูชา-ไทย

ไทยและกัมพูชามีปัญหากระทบกระทั่งตามแนวชายแดนโดยเฉพาะปราสาทเขาพระวิหารที่เป็นคดีขึ้นสู่ศาลโลก ตลอดสมัยพระนโรดม สีหนุ ไทยและกัมพูชามีการประท้วงเกี่ยวกับการละเมิดเขตแดนกันบ่อยครั้งมาก จนในที่สุด พระนโรดม สีหนุจึงทรงตัดสินพระทัยฟ้องร้องนำคดีความปราสาทเขาพระวิหารสู่ศาลโลกเพื่อเรียกร้องเอาดินแดนพิพาทกับประเทศไทย เมื่อศาลโลกตัดสินให้ปราสาทเขาพระวิหารเป็นของกัมพูชาถือเป็นความสำเร็จทางการทูตของกัมพูชาในช่วงยุคนี้ หลังจากนั้นพระนโรดม สีหนุจึงทรงเริ่มนโยบายแข็งกร้าวต่อประเทศไทย โดยเริ่มจัดการปัญหาชาวไทยเกาะกงอย่างโหดร้าย

กรณีพิพาทปราสาทพระวิหาร

ปี พ.ศ. 2501 หลังจากกัมพูชาได้รับเอกราชจากฝรั่งเศส จึงเริ่มมีข้อขัดแย้งเรื่องเขตแดนรอยต่อระหว่างไทยกับกัมพูชา จนกระทั่งพระนโรดมสีหนุ นายกรัฐมนตรีกัมพูชาขณะนั้น นำเรื่องฟ้องร้องขึ้นเสนอต่อศาลยุติธรรมระหว่างประเทศในปี พ.ศ. 2502 พระนโรดม สีหนุ ทรงมีบันทึกว่า ดินแดนทางขึ้นสู่ปราสาทพระวิหารนั้นไม่ได้เป็นของไทย หากแต่เป็นของกัมพูชาตามสนธิสัญญากับแผนที่ ฝรั่งเศส-สยาม ปี 1904 และ 1907 และทางขึ้นก็ยังหันเข้าสู่ประเทศกัมพูชาอีกด้วย

คดีนี้ศาลโลกได้ตัดสินให้ตัวปราสาทพระวิหารตกเป็นของกัมพูชา เมื่อวันที่ 15 มิถุนายน พ.ศ. 2505 ด้วยคะแนนเสียง 9 ต่อ 3 ท่ามกลางความไม่พอใจของฝ่ายไทย ซึ่งเห็นว่าศาลโลกตัดสินคดีนี้อย่างไม่ยุติธรรม หลังจากที่ศาลโลกได้ตัดสินให้ปราสาทเขาพระวิหารตกเป็นของกัมพูชา ได้มีการเฉลิมฉลองทั่วทั้งพระราชอาณาจักรกัมพูชา มีการประกาศวันหยุดราชการ พ.ศ. 2506 สมเด็จเจ้าสีหนุ เสด็จขึ้นปราสาทพระวิหารเพื่อทำพิธีบวงสรวง ทางสะพานโบราณ (ช่องบันไดหัก) เมื่อทรงทราบว่ากัมพูชาชนะคดีปราสาทพระวิหาร[5]

การกวาดล้างชาวไทยเกาะกง

สืบเนื่องจากความขัดแย้งกับในจากกรณีปราสาทเขาพระวิหาร[6] ประกอบกับการที่พระนโรดม สีหนุน่าจะมีความระแวงไทยสูง[7] ในปี พ.ศ. 2506 รัฐบาลกัมพูชาได้ออกกฎห้ามชาวเกาะกงพูดภาษาไทย ห้ามมีเงินไทย และห้ามมีหนังสือไทยไว้ในบ้าน หากเจ้าหน้าที่ค้นพบจะถูกทำลายให้สิ้นซาก โดยเฉพาะหากพูดภาษาไทยจะถูกปรับคำละ 25 เรียล และเพิ่มขึ้นเป็น 50 เรียลในปีต่อมา[6][8]

ต่อมาในปี พ.ศ. 2508 พระองค์ได้ประกาศว่า ทรงพบเอกสารคอมมิวนิสต์ที่เกาะกง โดยบางชิ้นเป็นภาษาไทย ทำให้พระองค์มีพระราชวินิจฉัยว่าเขมรแดงได้รับคำสั่งจาก "นาย" ต่างประเทศ เพื่อปลุกระดมให้คนเขมรแปลกแยกจากสังคม [พรรคสังคมราษฎร์นิยม พรรคที่พระองค์จัดตั้งขึ้น] และพระองค์[7]

ความสัมพันธ์เมื่อครานั้นของไทยกับกัมพูชา ปรากฏในหนังสือชุด สามเกลอ-พล นิกร กิมหงวน ของ ป.อินทรปาลิต ตอน "เขมรแหย่เสือ" ได้เขียนลงบทนำตอนหนึ่ง ความว่า[7]

"...คนไทยที่มีเชื้อชาติไทยสัญชาติเขมร และชาวเขมรในเกาะกง หรือจังหวัดใกล้เคียงกับจังหวัดตราดและจันทบุรี ถูกรัฐบาลเขมรกดขี่ข่มเหงรีดนาทาเร้นด้วยประการต่าง ๆ จึงอพยพเข้าพึ่งพระบรมโพธิสมภาร ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว เมื่อนโรดม สีหนุ ทราบข่าวนี้ ก็สั่งให้กองทัพเรือจับชาวประมงในน่านน้ำไทย ยึดเรือและนำตัวไปกักขังไว้ ปฏิบัติต่อคนไทยที่ถูกคุมขังอย่างโหดเหี้ยมทารุณราวกับสัตว์ป่า ชาวประมงหลายคนต้องเสียชีวิตเพราะถูกทารุณ เพราะอดอาหาร หรือเจ็บป่วยก็ไม่ได้รับการรักษาพยาบาล..."

ในเหตุการณ์ช่วงนั้นจา เรียง อดีตผู้ว่าการธนาคารแห่งกัมพูชาได้ทำการบันทึกไว้ว่า ช่วงปี พ.ศ. 2509 มีชาวเกาะกงเชื้อสายไทยถูกสังหารไปราว 160 คน[7] ส่วนจรัญ โยบรรยงค์ ที่ได้รวบรวมบันทึกของชาวเกาะกงเชื้อสายไทย และนำมาเขียนเป็นหนังสือ "รัฐบาลทมิฬ" ได้อ้างอิงคำพูดของลอน นอล เมื่อครั้งทำงานใกล้ชิดกับสีหนุ และเดินทางมาประชุมที่เกาะกงความว่า "...คนไทยเกาะกง แม้ว่าจะสูญหายตายจากไปสักห้าพันคน ก็ไม่ทำให้แผ่นดินเขมรเอียง"[9] ผลที่ตามมาจากเหตุการณ์ครั้งนี้คือมีคนเชื้อสายไทยจำนวนมากอพยพออกจากเกาะกงไปจังหวัดตราดของไทย[10] และเกิดปัญหาสถานะบุคคลจนถึงปัจจุบัน[11][12]

กัมพูชา-เวียดนามใต้

กัมพูชากับเวียดนามใต้มีปัญหาขัดแย้งทางด้านพรมแดนในบริเวณกัมโพต มีโมดและลัมพัต และอธิปไตยเหนือเกาะในอ่าวไทยอีก 2-3 เกาะ นอกจากนั้น ยังมีความขัดแย้งที่เกิดขึ้นจากสงครามเวียดนาม คือมีผู้ลี้ภัยชาวเวียดนามล้ำแดนเข้ามาเป็นจำนวนมากและการที่เวียดนามใต้ล้ำแดนเข้ามาโจมตีเวียดกงในดินแดนกัมพูชา ในที่สุดกัมพูชาหันไปผูกมิตรกับเวียดนามเหนือและรับรองรัฐบาลปฏิวัติชั่วคราวแห่งเวียดนามใต้