เบนิเตซเกิดมาในครอบครัวที่มีฐานะปานกลางในกรุงมาดริด พ่อของเขา ฟรันซิสโก เบนิเตซ เป็นผู้จัดการโรงแรมแห่งหนึ่ง ส่วนแม่ของเขา โรซารีโอ เป็นนางพยาบาล แม่ของเขาเป็นแฟนฟุตบอลทีมเรอัลมาดริดตัวยง ในขณะที่พ่อของเขา เป็นแฟนฟุตบอลของทีมอัตเลติโกเดมาดริด ฟรันซิสโกเสียชีวิตลงเมื่อเดือนธันวาคม ปี 2005 ในขณะที่เบนิเตซพาทีมไปสู้ศึกชิงแชมป์สโมสรโลกที่ประเทศญี่ปุ่น

เบนิเตซเป็นลูกชายคนกลาง พี่ชายของเขาที่ชื่อฟรันซิสโกเช่นกัน เกิดในปี 1959 ในขณะที่น้องสาวของเขาชื่อโรซารีโอ เกิดหลังหลังจากเขาเจ็ดปีด้วยกัน ฟรานซิสโก และโรซารีโอเข้าศึกษาคณะสัตวแพทยศาสตร์เหมือนกัน และต่อมาโรซารีโอก็ได้เป็นสัตวแพทย์

ในปี 1998 เบนิเตซแต่งงานกับมาเรีย เด มอนต์เซร์รัต ซึ่งเป็นนักกฎหมายที่เกิดในเมืองโอว์เรนเซ พวกเขามีลูกสาวด้วยกันสองคน โดยเกลาเดียเกิดที่กรุงมาดริดในปี 1999 และน้องสาวของเธอ อากาตาเกิดที่เมืองบาเลนเซียในปี 2002