ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดจันทบุรีตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดจันทบุรีอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 17[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดจันทบุรีมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 213 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 17 (สพม.17) จำนวน 23 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรีทั้ง 2 เขตรวม 189 โรงเรียน[3] และโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียน[4]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดจันทบุรีแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรี เขต 1 (สพป.จันทบุรี เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองจันทบุรี อำเภอแก่งหางแมว อำเภอท่าใหม่ และอำเภอนายายอาม
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรี เขต 2 (สพป.จันทบุรี เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอขลุง อำเภอเขาคิชฌกูฏ อำเภอโป่งน้ำร้อน อำเภอมะขาม อำเภอสอยดาว และอำเภอแหลมสิงห์

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 17

จังหวัดจันทบุรีอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 17 ร่วมกับจังหวัดตราด[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 23 โรงเรียน จัดอยู่ใน 5 สหวิทยาเขต โดยชื่อสหวิทยาเขตในจังหวัดจันทบุรีตั้งชื่อตามอัญมณีได้แก่[5]

• สหวิทยาเขตทับทิม รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองจันทบุรี (โรงเรียนบางกะจะและโรงเรียนเบญจมราชูทิศ) และอำเภอนายายอาม
• สหวิทยาเขตมรกต รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองจันทบุรี (โรงเรียนศรียานุสรณ์) อำเภอเขาคิชฌกูฏ และอำเภอมะขาม รวมทั้งโรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 48 ในสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษด้วย
• สหวิทยาเขตสตาร์บุษ รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอโป่งน้ำร้อนและอำเภอสอยดาว
• สหวิทยาเขตไพลิน รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอแก่งหางแมวและอำเภอท่าใหม่
• สหวิทยาเขตบุษราคัม รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองจันทบุรี (โรงเรียนเบญจมานุสรณ์) อำเภอขลุง และอำเภอแหลมสิงห์

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรีเขต 1

สพป.จันทบุรี เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตะวันตกของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองจันทบุรี อำเภอแก่งหางแมว อำเภอท่าใหม่ และอำเภอนายายอาม มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 83 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอท่าใหม่ 26 โรงเรียน อำเภอเมืองจันทบุรี 25 โรงเรียน อำเภอแก่งหางแมว 16 โรงเรียน และอำเภอนายายอาม 16 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจันทบุรีเขต 2

สพป.จันทบุรี เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 6 อำเภอทางตะวันออกของจังหวัด ได้แก่อำเภอขลุง อำเภอเขาคิชฌกูฏ อำเภอโป่งน้ำร้อน อำเภอมะขาม อำเภอสอยดาว และอำเภอแหลมสิงห์ มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 106 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอขลุง 25 โรงเรียน อำเภอโป่งน้ำร้อน 25 โรงเรียน อำเภอสอยดาว 20 โรงเรียน อำเภอแหลมสิงห์ 13 โรงเรียน อำเภอมะขาม 12 โรงเรียน และอำเภอเขาคิชฌกูฏ 11 โรงเรียน

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดจันทบุรีมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียน ได้แก่โรงเรียนราชประชานุเคราะห์ 48 ตั้งอยู่ที่ตำบลพลวง อำเภอเขาคิชฌกูฏ[4] จัดการศึกษาในระดับประถมศึกษาถึงมัธยมศึกษา และอยู่ในสหวิทยาเขตมรกตร่วมกับอีก 4 โรงเรียนในสังกัด สพม. 17[5]

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดจันทบุรีมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 10 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่เทศบาลเมืองขลุง (2 โรงเรียน) เทศบาลเมืองจันทนิมิต (1 โรงเรียน) เทศบาลเมืองจันทบุรี (2 โรงเรียน) เทศบาลเมืองท่าใหม่ (4 โรงเรียน) และเทศบาลตำบลทับช้าง (1 โรงเรียน)[6]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดจันทบุรีซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 20 โรงเรียน[7]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดจันทบุรีมีโรงเรียนสาธิต 1 โรงเรียนได้แก่โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยราชภัฏรำไพพรรณี สังกัดคณะครุศาสตร์ มหาวิทยาลัยราชภัฏรำไพพรรณี ตั้งอยู่ที่ตำบลท่าช้าง อำเภอเมืองจันทบุรี จังหวัดจันทบุรี เปิดสอนในระดับเตรียมอนุบาล (บริบาล) ถึงประถมศึกษา[8]