ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดชัยนาทตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดชัยนาทอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 5[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 1 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดชัยนาทมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 189 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 5 (สพม.5) จำนวน 13 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาชัยนาท 174 โรงเรียน[3] และโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 2 โรงเรียน[4][5]

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 5

จังหวัดชัยนาทอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 5 ร่วมกับจังหวัดลพบุรี จังหวัดสิงห์บุรี และจังหวัดอ่างทอง[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 13 โรงเรียน โดยจัดอยูใน 2 สหวิทยาเขต[6] ได้แก่

• สหวิทยาเขตขุนสรรค์ รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอสรรพยา (ยกเว้นโรงเรียนชยานุกิจพิทยาคม), อำเภอสรรคบุรี, อำเภอหันคา และอำเภอเนินขาม
• สหวิทยาเขตธรรมจักร รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองชัยนาท, อำเภอมโนรมย์, อำเภอวัดสิงห์, อำเภอสรรพยา (เฉพาะโรงเรียนชยานุกิจพิทยาคม) และอำเภอหนองมะโมง

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาชัยนาท

สพป.ชัยนาทมีพื้นที่ครอบคลุมทั้ง 8 อำเภอในจังหวัดชัยนาท มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 174 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอหันคา 37 โรงเรียน อำเภอสรรคบุรี 34 โรงเรียน อำเภอเมืองชัยนาท 25 โรงเรียน อำเภอสรรพยา 24 โรงเรียน อำเภอมโนรมย์ 18 โรงเรียน อำเภอวัดสิงห์ 14 โรงเรียน อำเภอหนองมะโมง 14 โรงเรียน และอำเภอเนินขาม 8 โรงเรียน

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดชัยนาทมีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 2 โรงเรียน ได้แก่[4][5]

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดชัยนาทมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 8 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดชัยนาท (1 โรงเรียน) เทศบาลเมืองชัยนาท (3 โรงเรียน) และเทศบาลตำบล 4 แห่ง[7]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดชัยนาทซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 10 โรงเรียน[8]