ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดนครนายกตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดนครนายกอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 1 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติและโรงเรียนสังกัดอื่น ๆ

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดนครนายกมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 143 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7 (สพม.7) จำนวน 11 โรงเรียน และโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายกจำนวน 132 โรงเรียน[3]

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7

จังหวัดนครนายกอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 7 ร่วมกับจังหวัดปราจีนบุรีและจังหวัดสระแก้ว[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 11 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครนายก

สพป.นครนายกมีพื้นที่ครอบคลุมทั้ง 4 อำเภอในจังหวัดนครนายก มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 132 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอเมืองนครนายก 49 โรงเรียน อำเภอองครักษ์ 36 โรงเรียน อำเภอบ้านนา 35 โรงเรียน และอำเภอปากพลี 12 โรงเรียน

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดนครนายกมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 3 โรงเรียน ทั้งหมดอยู่ในอำนาจรับผิดชอบของเทศบาลเมืองนครนายก[4]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดนครนายกซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 15 โรงเรียน[5]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดนครนายกมีโรงเรียนสาธิต 2 โรงเรียนได้แก่[6][7]

โรงเรียนกีฬาสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ

โรงเรียนกีฬาจังหวัดนครนายก (หรือชื่ออย่างเป็นทางการในปัจจุบันได้แก่โครงการจัดตั้งโรงเรียนกีฬาจังหวัดนครนายก) เป็นส่วนราชการในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ ตั้งอยู่ที่ตำบลทรายมูล อำเภอองครักษ์ จัดการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาตอนต้นควบคู่กับการฝึกซ้อมกีฬา[8]

โรงเรียนสังกัดสถาบันวิชาการป้องกันประเทศ

โรงเรียนเตรียมทหาร เป็นสถาบันในสังกัดสถาบันวิชาการป้องกันประเทศ ตั้งอยู่ที่ตำบลศรีกะอาง อำเภอบ้านนา จัดการศึกษาในระดับเทียบเท่ามัธยมศึกษาตอนปลายเพื่อเตรียมความพร้อมสำหรับการรับราชการทหารและตำรวจ[9]