ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดนครพนมตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดนครพนมอยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 22[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสาธิตของมหาวิทยาลัย ซึ่งอยู่ในสังกัดของมหาวิทยาลัยนั้น ๆ
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดนครพนมมีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 485 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 22 (สพม.22) จำนวน 51 โรงเรียน และโรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนมทั้ง 2 เขตจำนวน 434 โรงเรียน[3]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดนครพนมแบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนม เขต 1 (สพป.นครพนม เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองนครพนม อำเภอธาตุพนม อำเภอนาแก อำเภอปลาปาก อำเภอเรณูนคร และอำเภอวังยาง
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนม เขต 2 (สพป.นครพนม เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอท่าอุเทน อำเภอนาทม อำเภอนาหว้า อำเภอบ้านแพง อำเภอโพนสวรรค์ และอำเภอศรีสงคราม

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 22

จังหวัดนครพนมอยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 22 ร่วมกับจังหวัดมุกดาหาร[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 51 โรงเรียน โดยจัดอยู่ใน 8 สหวิทยาเขต[4]ได้แก่

• สหวิทยาเขตศรีโคตรนคร รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอเมืองนครพนม (ยกเว้นโรงเรียนนครพนมวิทยาคม)
• สหวิทยาเขตพระธาตุมหาชัย รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอปลาปากและอำเภอเมืองนครพนม (เฉพาะโรงเรียนนครพนมวิทยาคม)
• สหวิทยาเขตพระธาตุพนม-เรณูนคร รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอธาตุพนมและอำเภอเรณูนคร
• สหวิทยาเขตพระธาตุประสิทธิ์ รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอนาหว้าและอำเภอโพนสวรรค์ (เฉพาะโรงเรียนค้อวิทยาคม)
• สหวิทยาเขตสายน้ำโขง รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอท่าอุเทนและอำเภอโพนสวรรค์ (เฉพาะโรงเรียนโพนสวรรค์ราษฎร์พัฒนา)
• สหวิทยาเขตสงครามยามอูน รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอศรีสงคราม
• สหวิทยาเขตภูลังกา รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอบ้านแพงและอำเภอนาทม
• สหวิทยาเขตนาแกวังยาง รับผิดชอบโรงเรียนในอำเภอนาแกและอำเภอวังยาง

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนมเขต 1

สพป.นครพนม เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 6 อำเภอทางตอนใต้ของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองนครพนม อำเภอธาตุพนม อำเภอนาแก อำเภอปลาปาก อำเภอเรณูนคร และอำเภอวังยาง มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 249 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอเมืองนครพนม 63 โรงเรียน อำเภอนาแก 53 โรงเรียน อำเภอธาตุพนม 44 โรงเรียน อำเภอปลาปาก 42 โรงเรียน อำเภอเรณูนคร 33 โรงเรียน และอำเภอวังยาง 14 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครพนมเขต 2

สพป.นครพนม เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 6 อำเภอทางตอนเหนือของจังหวัด ได้แก่อำเภอท่าอุเทน อำเภอนาทม อำเภอนาหว้า อำเภอบ้านแพง อำเภอโพนสวรรค์ และอำเภอศรีสงคราม มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 185 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอท่าอุเทน 44 โรงเรียน อำเภอศรีสงคราม 44 โรงเรียน อำเภอโพนสวรรค์ 30 โรงเรียน อำเภอบ้านแพง 28 โรงเรียน อำเภอนาหว้า 24 โรงเรียน และอำเภอนาทม 15 โรงเรียน

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดนครพนมมีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 13 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดนครพนม (1 โรงเรียน) เทศบาลเมืองนครพนม (6 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 4 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 2 แห่ง[5]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดนครพนมซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 22 โรงเรียน[6]

โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยในกำกับสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา

จังหวัดนครพนมมีโรงเรียนสาธิต 1 โรงเรียนได้แก่โรงเรียนสาธิตแห่งมหาวิทยาลัยนครพนม พนมพิทยพัฒน์ ตั้งอยู่ที่ตำบลนาราชควาย อำเภอเมืองนครพนม เปิดสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาลถึงมัธยมศึกษา[7]