ในส่วนนี้จะจำแนกโรงเรียนในจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ตามสังกัดของโรงเรียน ได้แก่

• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) ตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการ จังหวัดประจวบคีรีขันธ์อยู่ในพื้นที่ของเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10[1] และมีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาจำนวน 2 เขต[2]
• องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.)
• สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน (สช.)
  
• โรงเรียนสังกัดอื่น ๆ เช่น โรงเรียนตำรวจตระเวนชายแดน โรงเรียนพระปริยัติธรรม และโรงเรียนกีฬาในสังกัดมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ เป็นต้น

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน

จังหวัดประจวบคีรีขันธ์มีโรงเรียนสังกัด สพฐ. จำนวน 228 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นโรงเรียนมัธยมศึกษาสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10 (สพม.10) จำนวน 18 โรงเรียน โรงเรียนสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาประจวบคีรีขันธ์ทั้ง 2 เขตจำนวน 209 โรงเรียน[3] และโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียน[4]

เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาของจังหวัดประจวบคีรีขันธ์แบ่งดังนี้[2]

• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาประจวบคีรีขันธ์ เขต 1 (สพป.ประจวบคีรีขันธ์ เขต 1) ประกอบด้วยอำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ อำเภอทับสะแก อำเภอบางสะพาน และอำเภอบางสะพานน้อย
• สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาประจวบคีรีขันธ์ เขต 2 (สพป.ประจวบคีรีขันธ์ เขต 2) ประกอบด้วยอำเภอกุยบุรี อำเภอปราณบุรี อำเภอสามร้อยยอด และอำเภอหัวหิน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10

จังหวัดประจวบคีรีขันธ์อยู่ในเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษาเขต 10 ร่วมกับจังหวัดเพชรบุรี จังหวัดสมุทรสงคราม และจังหวัดสมุทรสาคร[1] และมีโรงเรียนในสังกัดจำนวน 18 โรงเรียน โดยแบ่งเป็น 2 สหวิทยาเขตได้แก่[5]

• สหวิทยาเขตเกาะหลัก รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ อำเภอทับสะแก อำเภอบางสะพาน และอำเภอบางสะพานน้อย
• สหวิทยาเขตสิงขร รับผิดชอบโรงเรียนในพื้นที่อำเภอกุยบุรี อำเภอปราณบุรี อำเภอสามร้อยยอด และอำเภอหัวหิน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาประจวบคีรีขันธ์เขต 1

สพป.ประจวบคีรีขันธ์ เขต 1 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตอนใต้ของจังหวัด ได้แก่อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ อำเภอทับสะแก อำเภอบางสะพาน และอำเภอบางสะพานน้อย มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 120 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอบางสะพาน 38 โรงเรียน อำเภอเมืองประจวบคีรีขันธ์ 35 โรงเรียน อำเภอทับสะแก 25 โรงเรียน และอำเภอบางสะพานน้อย 22 โรงเรียน

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาประจวบคีรีขันธ์เขต 2

สพป.ประจวบคีรีขันธ์ เขต 2 มีพื้นที่ครอบคลุม 4 อำเภอทางตอนเหนือของจังหวัด ได้แก่อำเภอกุยบุรี อำเภอปราณบุรี อำเภอสามร้อยยอด และอำเภอหัวหิน มีโรงเรียนในความรับผิดชอบจำนวน 89 โรงเรียน โดยแบ่งเป็นอำเภอกุยบุรี 25 โรงเรียน อำเภอสามร้อยยอด 25 โรงเรียน อำเภอหัวหิน 24 โรงเรียน และอำเภอปราณบุรี 15 โรงเรียน

สำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ

จังหวัดประจวบคีรีขันธ์มีโรงเรียนสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ 1 โรงเรียน ได้แก่โรงเรียนโสตศึกษาเทพรัตน์ ตั้งอยู่ที่ตำบลพงศ์ประศาสน์ อำเภอบางสะพาน[4]

องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น

จังหวัดประจวบคีรีขันธ์มีโรงเรียนสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น 21 โรงเรียน องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่มีโรงเรียนในความรับผิดชอบได้แก่องค์การบริหารส่วนจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ (1 โรงเรียน) เทศบาลเมือง 2 แห่งได้แก่เทศบาลเมืองประจวบคีรีขันธ์ (3 โรงเรียน) และเทศบาลเมืองหัวหิน (7 โรงเรียน) เทศบาลตำบล 5 แห่ง และองค์การบริหารส่วนตำบล 2 แห่ง[6]

สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชน

โรงเรียนเอกชนในจังหวัดประจวบคีรีขันธ์ซึ่งสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาเอกชนมีจำนวน 36 โรงเรียน[7]